More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0014 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0012  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.189557  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0025  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0258602  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0025  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0259954  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5695  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000661366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0007424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000771561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5733  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0219  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000281593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4570  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000623661  normal  0.109465 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5027  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000593186  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0861  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5640  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.108099  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0102  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0132  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000929612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0101  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5812  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000461866  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4996  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0786  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.39935e-31 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R20  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000017569  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  85.07 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1158  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0063  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0022  tRNA-His  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.618008  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>