More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2471 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2471  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 393 aa  816    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000269887  decreased coverage  0.0000186716 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.2 
 
 		 384 aa  449  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0006  DNA polymerase III, beta subunit  51.79 
 
 		 384 aa  436  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.590435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3096  DNA polymerase III, beta subunit  50.77 
 
 		 384 aa  432  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00256745  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2082  DNA polymerase III, beta subunit  50.89 
 
 		 388 aa  431  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0004  DNA polymerase III, beta subunit  46.29 
 
 		 384 aa  394  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.01 
 
 		 372 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.9 
 
 		 372 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.18 
 
 		 372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.16 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.38 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.77 
 
 		 376 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.54 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.12 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.57 
 
 		 375 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.54 
 
 		 372 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.94 
 
 		 372 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.38 
 
 		 372 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.63 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.57 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.45 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  23.53 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.44 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.03 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  21.88 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.61 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  22.48 
 
 		 373 aa  110  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  24.55 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  23.33 
 
 		 372 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  21.99 
 
 		 372 aa  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 		 372 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  23.02 
 
 		 372 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.12 
 
 		 373 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  23.48 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  21.35 
 
 		 372 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.77 
 
 		 372 aa  107  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.74 
 
 		 372 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.99 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  23.33 
 
 		 385 aa  106  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.91 
 
 		 373 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  23.95 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.26 
 
 		 373 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.51 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  23.31 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  24.1 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  22.74 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.36 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  24.42 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  25.52 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.71 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.42 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  21.24 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  22.54 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 		 372 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.17 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.68 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.42 
 
 		 373 aa  102  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.57 
 
 		 368 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.3 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  24.74 
 
 		 367 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.74 
 
 		 367 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  22.45 
 
 		 371 aa  99.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.48 
 
 		 367 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  26.03 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.19 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  26.22 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.39 
 
 		 373 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.4 
 
 		 372 aa  97.4  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.94 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  97.1  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 		 367 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  23.26 
 
 		 366 aa  96.7  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  96.3  8e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.58 
 
 		 368 aa  96.3  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  96.3  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  96.3  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  96.3  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  96.3  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.23 
 
 		 372 aa  96.3  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  21.88 
 
 		 370 aa  96.3  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 367 aa  96.3  8e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.04 
 
 		 369 aa  96.3  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.61 
 
 		 366 aa  95.9  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.81 
 
 		 367 aa  95.9  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.75 
 
 		 366 aa  95.9  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.16 
 
 		 368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 		 367 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  22.42 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 		 412 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.45 
 
 		 368 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.78 
 
 		 368 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.04 
 
 		 368 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.78 
 
 		 368 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2688  DNA polymerase III, beta subunit  23.45 
 
 		 369 aa  95.1  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0188688  hitchhiker  0.00114167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>