More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2243 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
359 aa  742  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.02 
 
 
367 aa  382  1e-105  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.59 
 
 
360 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55 
 
 
364 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.65 
 
 
386 aa  360  3e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.26 
 
 
358 aa  355  8e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  46.78 
 
 
369 aa  303  2e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.2 
 
 
360 aa  301  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.93 
 
 
343 aa  300  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.1547e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45 
 
 
373 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.1 
 
 
346 aa  297  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.1721e-08  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.98 
 
 
373 aa  297  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.69 
 
 
373 aa  296  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.44 
 
 
373 aa  296  4e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  47.11 
 
 
378 aa  293  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.44 
 
 
373 aa  293  3e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.01 
 
 
373 aa  292  7e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  44.79 
 
 
372 aa  292  8e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.83 
 
 
373 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.54 
 
 
373 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.83 
 
 
373 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  44.07 
 
 
364 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.25 
 
 
373 aa  291  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  43.82 
 
 
371 aa  288  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 
351 aa  288  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.25 
 
 
373 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  43.7 
 
 
342 aa  287  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.25 
 
 
373 aa  286  3e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 
373 aa  285  7e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.61 
 
 
373 aa  285  7e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.45 
 
 
362 aa  285  8e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 
373 aa  285  9e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.54 
 
 
351 aa  285  1e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.15048e-35 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.94 
 
 
362 aa  285  1e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 
373 aa  285  1e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.57 
 
 
364 aa  284  2e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.26 
 
 
351 aa  283  3e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  44.07 
 
 
396 aa  283  5e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.99 
 
 
362 aa  282  6e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  47.11 
 
 
359 aa  282  6e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
362 aa  281  8e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
362 aa  281  8e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
362 aa  281  8e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.66 
 
 
380 aa  282  8e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
362 aa  281  8e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  43.44 
 
 
404 aa  282  8e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
362 aa  281  8e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
362 aa  281  8e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.64 
 
 
362 aa  281  8e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.18 
 
 
375 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.54 
 
 
386 aa  280  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.16 
 
 
358 aa  279  5e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.31 
 
 
375 aa  279  5e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  45.32 
 
 
404 aa  279  6e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.43 
 
 
347 aa  279  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.74 
 
 
398 aa  279  6e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  46.27 
 
 
398 aa  278  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.06 
 
 
362 aa  278  8e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  45.81 
 
 
399 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  45.61 
 
 
377 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  44.41 
 
 
390 aa  278  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  43.14 
 
 
371 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.60208e-10 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  45.97 
 
 
399 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  42.94 
 
 
410 aa  277  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.86 
 
 
356 aa  277  3e-73  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  44.25 
 
 
376 aa  276  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  45.97 
 
 
360 aa  277  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  42.77 
 
 
428 aa  275  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  44.6 
 
 
403 aa  275  8e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  44.63 
 
 
372 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1292  radical SAM protein  42.78 
 
 
402 aa  275  1e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000206153  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  43.11 
 
 
406 aa  274  1e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  42.9 
 
 
362 aa  275  1e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.91 
 
 
372 aa  275  1e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  44.14 
 
 
391 aa  275  1e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.13 
 
 
371 aa  274  1e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  44.1 
 
 
365 aa  275  1e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 
365 aa  275  1e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.57 
 
 
356 aa  274  2e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.01 
 
 
356 aa  273  2e-72  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.29 
 
 
356 aa  273  2e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
371 aa  274  2e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  43.73 
 
 
427 aa  274  2e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  44.64 
 
 
402 aa  273  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  44.84 
 
 
372 aa  273  4e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  44.84 
 
 
372 aa  273  5e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  38.78 
 
 
358 aa  272  8e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  44.99 
 
 
373 aa  271  9e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  42.62 
 
 
403 aa  271  1e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  44.91 
 
 
399 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.74 
 
 
354 aa  271  1e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  45.67 
 
 
366 aa  270  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  42.03 
 
 
399 aa  271  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  41.71 
 
 
408 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  43.73 
 
 
397 aa  269  4e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  41.64 
 
 
392 aa  270  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  41.64 
 
 
392 aa  270  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  41.64 
 
 
392 aa  269  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  43.53 
 
 
384 aa  269  6e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.22 
 
 
398 aa  269  6e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>