More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2183 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  100 
 
 
256 aa  514  1.0000000000000001e-145  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  41.85 
 
 
251 aa  152  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  38.06 
 
 
241 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  38.7 
 
 
242 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  35.91 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  40.09 
 
 
299 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  35.68 
 
 
243 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  36.74 
 
 
247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  36.1 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  30.86 
 
 
245 aa  111  9e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  35.02 
 
 
232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.71 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  38.07 
 
 
269 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  35.8 
 
 
204 aa  106  3e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.65 
 
 
238 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  36.48 
 
 
237 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  35.59 
 
 
269 aa  104  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  33.86 
 
 
255 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  33.04 
 
 
229 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  33.2 
 
 
258 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.33 
 
 
227 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  34.35 
 
 
228 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  32.5 
 
 
245 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  35.54 
 
 
246 aa  102  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  34.86 
 
 
249 aa  102  4e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  28.14 
 
 
220 aa  102  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  35.22 
 
 
243 aa  102  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  35.37 
 
 
263 aa  101  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  35.37 
 
 
237 aa  101  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  38.22 
 
 
248 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  32.79 
 
 
262 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  38.5 
 
 
258 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  33.47 
 
 
258 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  32.81 
 
 
239 aa  99  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  25.64 
 
 
230 aa  98.6  9e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  34.87 
 
 
262 aa  98.6  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  33.61 
 
 
241 aa  97.8  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  34.32 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2857  phosphoribosyltransferase  40.11 
 
 
274 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  35.98 
 
 
233 aa  97.8  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  30.62 
 
 
230 aa  97.1  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  38.2 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  38.02 
 
 
217 aa  97.1  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  34.72 
 
 
259 aa  96.7  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  29.31 
 
 
232 aa  96.3  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  38.59 
 
 
213 aa  95.5  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  35.68 
 
 
268 aa  95.5  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  32.95 
 
 
279 aa  95.5  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  33.2 
 
 
241 aa  95.1  9e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  33.2 
 
 
262 aa  95.1  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
276 aa  94.7  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000245098  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  35.27 
 
 
235 aa  93.6  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  34.38 
 
 
237 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  35.38 
 
 
253 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  31.8 
 
 
262 aa  93.2  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  34.1 
 
 
268 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  31.51 
 
 
226 aa  92.8  5e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  34.69 
 
 
231 aa  92.4  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  35.27 
 
 
263 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  30.43 
 
 
243 aa  92  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  35.1 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  31.54 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  35.27 
 
 
263 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  36.55 
 
 
215 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  31.67 
 
 
244 aa  90.9  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  30.87 
 
 
270 aa  90.9  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  34.85 
 
 
263 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  32.06 
 
 
257 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  31.93 
 
 
233 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  31.98 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  29.71 
 
 
233 aa  90.5  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  35.22 
 
 
241 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  32.02 
 
 
230 aa  89.7  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2082  phosphoribosyltransferase  36.11 
 
 
214 aa  89.7  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0714276  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.73 
 
 
246 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  31.98 
 
 
239 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  32.43 
 
 
231 aa  89.4  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  31.7 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  44.83 
 
 
272 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  34.44 
 
 
263 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  32.76 
 
 
242 aa  89.4  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  34.85 
 
 
244 aa  89  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  30.6 
 
 
230 aa  89  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  33.75 
 
 
252 aa  89  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  31.84 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  32.11 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0090  phosphoribosyltransferase  27.27 
 
 
220 aa  88.2  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  31.2 
 
 
271 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1412  hypothetical protein  27.87 
 
 
231 aa  87.4  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0156224  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  32.76 
 
 
242 aa  87  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  32.03 
 
 
238 aa  87  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  31.93 
 
 
233 aa  87  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  32.93 
 
 
258 aa  87  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  30.84 
 
 
233 aa  86.7  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  29.54 
 
 
286 aa  86.3  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0976  hypothetical protein  30.66 
 
 
229 aa  86.3  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0430992  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3746  hypothetical protein  38.05 
 
 
219 aa  86.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.345034 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1812  phosphoribosyltransferase  26.32 
 
 
245 aa  86.7  4e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  30.65 
 
 
185 aa  86.3  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  32.44 
 
 
246 aa  86.3  5e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>