More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2065 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  428  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  5.62685e-12  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  60.98 
 
 
210 aa  285  3e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  58.54 
 
 
209 aa  263  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  55.61 
 
 
209 aa  251  5e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  8.37732e-05  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  55.12 
 
 
209 aa  251  6e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.17498e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  54.23 
 
 
209 aa  229  2e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  8.24684e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  53.73 
 
 
209 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  2.31855e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  55.22 
 
 
222 aa  227  1e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  50.5 
 
 
210 aa  226  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  52.48 
 
 
213 aa  220  1e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  55.22 
 
 
205 aa  219  2e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  6.60439e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  51.72 
 
 
209 aa  218  4e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.9924e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  52.43 
 
 
212 aa  218  6e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.15109e-07  unclonable  5.79905e-11 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  51.98 
 
 
209 aa  218  6e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  52.71 
 
 
210 aa  218  6e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.81863e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  51.23 
 
 
209 aa  217  8e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.45621e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  54.95 
 
 
207 aa  217  9e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.63563e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  54.95 
 
 
207 aa  217  9e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
209 aa  216  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  52.68 
 
 
212 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  1.5584e-06  hitchhiker  7.58128e-06 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
210 aa  216  3e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  52.43 
 
 
212 aa  215  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.66431e-08  unclonable  2.47869e-08 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  51.24 
 
 
211 aa  215  5e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
212 aa  214  9e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.58076e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
212 aa  214  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.06645e-07  decreased coverage  4.70561e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
209 aa  213  1e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  51.22 
 
 
211 aa  214  1e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.94381e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
212 aa  213  2e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.26152e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  51.49 
 
 
211 aa  212  2e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.30884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  49.25 
 
 
216 aa  212  3e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  50.75 
 
 
206 aa  211  5e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  4.02835e-07  hitchhiker  3.18342e-09 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  47.34 
 
 
209 aa  210  1e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.70125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  46.53 
 
 
210 aa  209  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
212 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.00962e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
212 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.33275e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
212 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.46138e-08  unclonable  9.36811e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
212 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.39517e-08  hitchhiker  1.8898e-10 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
210 aa  209  3e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  7.29631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
211 aa  208  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.30335e-05  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
211 aa  208  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  49.25 
 
 
211 aa  208  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.74639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 
212 aa  208  5e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.9478e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 
212 aa  208  6e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  6.36858e-07  unclonable  1.96513e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 
212 aa  208  6e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.84118e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 
212 aa  208  6e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 
212 aa  208  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.0724e-08  hitchhiker  1.9855e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 
212 aa  208  6e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
211 aa  207  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  49.5 
 
 
210 aa  207  7e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
212 aa  207  9e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  49.26 
 
 
211 aa  207  9e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  1.65351e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  51.74 
 
 
211 aa  206  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.99657e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
223 aa  207  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  8.38631e-08  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0265  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
232 aa  206  2e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  6.58657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  52.43 
 
 
214 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  6.58885e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  2.09689e-07 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  50.25 
 
 
209 aa  206  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.74535e-10  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
210 aa  205  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.31463e-05  hitchhiker  3.31617e-13 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
207 aa  204  5e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.58376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  51.24 
 
 
206 aa  204  7e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  6.08869e-05  hitchhiker  2.69964e-11 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  50.25 
 
 
206 aa  204  8e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
209 aa  204  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
208 aa  204  8e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.58228e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
209 aa  204  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.56273e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
209 aa  204  8e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.83333e-10  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  48.28 
 
 
209 aa  203  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  49.5 
 
 
210 aa  204  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.29954e-06 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 
207 aa  203  1e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
214 aa  203  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.7151e-11  hitchhiker  1.66028e-07 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  47.18 
 
 
209 aa  203  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  49 
 
 
209 aa  202  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  202  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  2.22247e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  49.27 
 
 
212 aa  202  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  48.76 
 
 
215 aa  202  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  47.52 
 
 
208 aa  202  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  47.76 
 
 
219 aa  202  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  47.76 
 
 
213 aa  201  5e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  49.25 
 
 
210 aa  201  5e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.81122e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0213  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
212 aa  201  6e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.6877e-07  unclonable  7.31174e-06 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  48.06 
 
 
213 aa  200  1e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
212 aa  200  1e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  48.28 
 
 
209 aa  199  2e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  3.54089e-10  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
212 aa  199  2e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.09154e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06250  50S ribosomal protein L3  48.97 
 
 
200 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00608659  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
216 aa  199  3e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  47 
 
 
217 aa  197  7e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  48.26 
 
 
227 aa  197  8e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
209 aa  197  8e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.95061e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  47.06 
 
 
212 aa  197  1e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  48.97 
 
 
209 aa  197  1e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  196  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  3.30914e-05  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  196  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  49.48 
 
 
209 aa  196  2e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.66979e-07  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  196  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
212 aa  196  2e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.8687e-07  unclonable  4.91767e-12 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  49.48 
 
 
209 aa  196  2e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.63503e-07  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>