24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1854 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1854  hypothetical protein  100 
 
 
117 aa  240  5e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  8.89871e-13  normal  0.194758 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  26.79 
 
 
1063 aa  56.6  1e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  27.27 
 
 
836 aa  53.5  1e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  2.35898e-08 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
685 aa  52.8  2e-06  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0530  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.1 
 
 
579 aa  52  3e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.82222  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.51 
 
 
807 aa  52  3e-06  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
578 aa  50.4  9e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
653 aa  49.3  2e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2258  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 
528 aa  47.8  5e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0576  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
507 aa  46.6  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3834  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.12 
 
 
908 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 
462 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.766844  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0868  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
650 aa  45.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1762  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 
462 aa  43.9  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00610316 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2720  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
657 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
826 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2075  signal transduction protein  32.05 
 
 
988 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0331  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
441 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301894 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.93 
 
 
912 aa  42  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.71 
 
 
438 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  32.47 
 
 
430 aa  41.2  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
766 aa  40.4  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.371468  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.77 
 
 
465 aa  40.8  0.007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
572 aa  40.4  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>