More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1773 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
397 aa  811  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  50.39 
 
 
425 aa  376  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  49.48 
 
 
412 aa  372  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  2.72693e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  50.91 
 
 
386 aa  358  1e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  51.43 
 
 
481 aa  352  4e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  49.87 
 
 
385 aa  346  4e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  44.72 
 
 
426 aa  323  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  45.95 
 
 
384 aa  321  1e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  43.19 
 
 
393 aa  317  2e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  41.34 
 
 
385 aa  303  3e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  38.58 
 
 
389 aa  299  5e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  41.46 
 
 
408 aa  290  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  41.19 
 
 
409 aa  287  3e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  44.76 
 
 
420 aa  286  6e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  41.62 
 
 
425 aa  285  1e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  42.71 
 
 
408 aa  283  3e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  43.57 
 
 
410 aa  283  4e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  43.04 
 
 
408 aa  280  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  45.34 
 
 
399 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  41.34 
 
 
399 aa  276  4e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.67 
 
 
418 aa  274  2e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  43.67 
 
 
418 aa  273  4e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  40.1 
 
 
409 aa  273  4e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  43.42 
 
 
418 aa  273  5e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  44.09 
 
 
415 aa  271  1e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  36.52 
 
 
409 aa  270  3e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  40.77 
 
 
413 aa  270  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 
408 aa  267  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  36.52 
 
 
409 aa  268  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  43.64 
 
 
353 aa  266  5e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  43.46 
 
 
430 aa  265  8e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  39.03 
 
 
385 aa  265  1e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  37.34 
 
 
411 aa  265  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  37.24 
 
 
380 aa  263  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  41.54 
 
 
409 aa  263  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 
422 aa  263  5e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  3.25025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  38.9 
 
 
407 aa  260  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  40.8 
 
 
380 aa  260  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  39.37 
 
 
417 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  39.37 
 
 
449 aa  259  5e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  36.48 
 
 
410 aa  257  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  42.4 
 
 
360 aa  257  2e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  40.28 
 
 
371 aa  258  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  38.83 
 
 
410 aa  256  3e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  37.53 
 
 
417 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  38.58 
 
 
417 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  38.16 
 
 
390 aa  255  7e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  39.44 
 
 
399 aa  256  7e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.31963e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  40.57 
 
 
406 aa  256  7e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  39.33 
 
 
395 aa  255  1e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  39.38 
 
 
417 aa  255  1e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  42 
 
 
419 aa  254  2e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  38.85 
 
 
423 aa  254  2e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  40.98 
 
 
407 aa  254  2e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  37.63 
 
 
391 aa  253  3e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  40.29 
 
 
372 aa  253  5e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 
419 aa  253  5e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  42.15 
 
 
402 aa  252  7e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  38.27 
 
 
404 aa  252  8e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  38.32 
 
 
410 aa  252  8e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  39.55 
 
 
359 aa  252  8e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  35.99 
 
 
390 aa  252  9e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  42.42 
 
 
356 aa  251  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  36.47 
 
 
345 aa  250  3e-65  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  41.81 
 
 
354 aa  250  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  42.06 
 
 
466 aa  249  6e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  39.55 
 
 
430 aa  249  7e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3768  DNA-directed DNA polymerase  39.16 
 
 
394 aa  249  9e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  41.47 
 
 
407 aa  248  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  39.84 
 
 
413 aa  248  2e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  38.48 
 
 
393 aa  248  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  36.06 
 
 
395 aa  247  3e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  41.12 
 
 
378 aa  247  3e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  40.73 
 
 
374 aa  246  6e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.5 
 
 
415 aa  244  1e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  41.06 
 
 
368 aa  245  1e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 
385 aa  244  2e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  41.69 
 
 
363 aa  242  8e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 
357 aa  242  8e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  39.44 
 
 
429 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  40.96 
 
 
355 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 
424 aa  241  2e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  41.21 
 
 
365 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.37 
 
 
414 aa  240  3e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 
360 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  37.56 
 
 
418 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  39.39 
 
 
363 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  38.24 
 
 
356 aa  239  5e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  38.24 
 
 
356 aa  239  5e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  39.44 
 
 
419 aa  239  6e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  40.59 
 
 
359 aa  239  8e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1686  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  36.34 
 
 
424 aa  239  8e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  40.52 
 
 
378 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  40.52 
 
 
378 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  3.1101e-06 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  40.71 
 
 
360 aa  238  2e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  40.32 
 
 
435 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  35.94 
 
 
385 aa  237  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.53 
 
 
407 aa  237  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  39.42 
 
 
378 aa  236  5e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  36.67 
 
 
431 aa  236  5e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>