More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1656 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
142 aa  285  2e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  41.22 
 
 
136 aa  124  4e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.51 
 
 
136 aa  120  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 
136 aa  119  1e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  43.41 
 
 
143 aa  117  4e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 
134 aa  115  2e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  41.35 
 
 
134 aa  114  4e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  38.35 
 
 
134 aa  112  2e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  40.91 
 
 
134 aa  111  4e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  40.15 
 
 
134 aa  110  8e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.39 
 
 
136 aa  109  2e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.91 
 
 
139 aa  108  2e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  42.97 
 
 
137 aa  105  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.33 
 
 
135 aa  105  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  43.33 
 
 
134 aa  105  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  38.4 
 
 
136 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  39.5 
 
 
134 aa  104  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  32.58 
 
 
133 aa  100  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  36.36 
 
 
135 aa  99.4  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
134 aa  98.6  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
134 aa  98.6  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  96.7  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
134 aa  96.7  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  31.01 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
134 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  31.11 
 
 
135 aa  95.9  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
134 aa  95.9  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  6.99577e-08 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
133 aa  91.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
134 aa  89  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  30.3 
 
 
132 aa  87.4  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.96 
 
 
133 aa  84.3  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
133 aa  84  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 
116 aa  82.4  2e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
135 aa  81.6  4e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.86 
 
 
140 aa  79.7  1e-14  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
135 aa  79.3  2e-14  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.58 
 
 
135 aa  77  7e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  1.82227e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
134 aa  76.6  1e-13  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
140 aa  73.2  1e-12  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
143 aa  72.8  1e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  31.25 
 
 
152 aa  72.4  2e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  4.17761e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.58 
 
 
140 aa  71.6  3e-12  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  30.77 
 
 
137 aa  72  3e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  7.78685e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  30.37 
 
 
141 aa  70.5  7e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  5.40401e-11  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  31.97 
 
 
139 aa  68.9  2e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  32 
 
 
138 aa  68.6  3e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
148 aa  68.2  4e-11  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.2 
 
 
134 aa  67  8e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  32.54 
 
 
143 aa  66.6  1e-10  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  32.54 
 
 
143 aa  66.6  1e-10  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  32.54 
 
 
143 aa  66.6  1e-10  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
133 aa  65.5  2e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 
140 aa  65.5  2e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.88 
 
 
144 aa  65.5  2e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
137 aa  65.5  3e-10  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  30.88 
 
 
143 aa  64.3  5e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
132 aa  64.7  5e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  31.08 
 
 
150 aa  63.9  6e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  31.08 
 
 
150 aa  63.9  6e-10  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.08 
 
 
150 aa  63.9  6e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
133 aa  63.9  8e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
144 aa  63.5  8e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  26.32 
 
 
133 aa  63.9  8e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  37.4 
 
 
142 aa  63.5  9e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  26.15 
 
 
139 aa  63.2  1e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
135 aa  63.5  1e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.41 
 
 
141 aa  63.2  1e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.12 
 
 
133 aa  63.2  1e-09  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
139 aa  62.8  1e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  26.15 
 
 
139 aa  62.8  1e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
138 aa  63.2  1e-09  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.74903e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.15 
 
 
142 aa  62.4  2e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.79 
 
 
146 aa  62.8  2e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.12 
 
 
141 aa  62  2e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
141 aa  62.4  2e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
140 aa  61.6  3e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
140 aa  62  3e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2390  biopolymer transport protein  41.59 
 
 
133 aa  61.6  3e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.817875  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.43 
 
 
135 aa  61.6  3e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
152 aa  62  3e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
141 aa  61.2  4e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1846  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  60.8  5e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  31.45 
 
 
143 aa  60.8  6e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.37 
 
 
141 aa  60.8  6e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.14 
 
 
139 aa  60.8  6e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0227736  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
158 aa  60.5  7e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.87 
 
 
137 aa  60.5  7e-09  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.43 
 
 
147 aa  60.1  1e-08  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
136 aa  60.1  1e-08  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
142 aa  60.1  1e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
142 aa  59.7  1e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>