More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1486 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
525 aa  1070  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  1.47012e-08 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.81 
 
 
539 aa  535  1e-151  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  51.52 
 
 
525 aa  524  1e-147  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.71 
 
 
532 aa  511  1e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.27 
 
 
604 aa  480  1e-134  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  42.26 
 
 
527 aa  407  1e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.42 
 
 
541 aa  387  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.85 
 
 
540 aa  361  2e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.01296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.53 
 
 
688 aa  290  3e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  40.17 
 
 
639 aa  288  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  39.57 
 
 
582 aa  287  4e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.05 
 
 
687 aa  283  6e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  35.12 
 
 
502 aa  282  8e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.58 
 
 
544 aa  282  8e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  7.01357e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.8 
 
 
575 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2509  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.9 
 
 
696 aa  281  2e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  34.91 
 
 
506 aa  280  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.08 
 
 
532 aa  280  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.77 
 
 
655 aa  280  5e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.86 
 
 
690 aa  278  2e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4239  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.65 
 
 
690 aa  277  3e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.931391  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.05 
 
 
467 aa  278  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.18 
 
 
455 aa  276  5e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.65 
 
 
690 aa  276  9e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  34.04 
 
 
531 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  34.04 
 
 
502 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.52 
 
 
690 aa  275  1e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  34.04 
 
 
502 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.55 
 
 
661 aa  275  2e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  33.97 
 
 
502 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.44 
 
 
690 aa  274  3e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.32878e-11 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.44 
 
 
690 aa  274  3e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.44 
 
 
690 aa  274  3e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.44 
 
 
690 aa  273  4e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.44 
 
 
690 aa  273  4e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  39.01 
 
 
662 aa  273  5e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1683  transcriptional regulator  39.74 
 
 
588 aa  273  5e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0451023  normal  0.0113335 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0957  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.79 
 
 
690 aa  273  5e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.26 
 
 
581 aa  273  7e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4277  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.58 
 
 
704 aa  272  9e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  35.06 
 
 
502 aa  272  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.48 
 
 
703 aa  271  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  34.8 
 
 
502 aa  271  3e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.04 
 
 
582 aa  271  3e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.1 
 
 
636 aa  270  7e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0671  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
457 aa  269  8e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.288415  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0585  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.14 
 
 
687 aa  268  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.17 
 
 
468 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 
631 aa  269  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.384971  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.09 
 
 
501 aa  267  4e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
553 aa  266  5e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  35.4 
 
 
586 aa  266  6e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.36 
 
 
576 aa  266  6e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
553 aa  266  7e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  32.44 
 
 
518 aa  266  8e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31410  sigma54-dependent activator protein  39.5 
 
 
667 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.85 
 
 
601 aa  265  2e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  34.92 
 
 
505 aa  265  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1275  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.94 
 
 
709 aa  264  3e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0572  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.72 
 
 
459 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.83 
 
 
576 aa  264  4e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.91 
 
 
568 aa  264  4e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.21 
 
 
575 aa  263  4e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  41.37 
 
 
671 aa  263  4e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  35.06 
 
 
510 aa  263  5e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  30.86 
 
 
515 aa  263  5e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.11 
 
 
519 aa  263  5e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.58 
 
 
553 aa  263  6e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.15 
 
 
553 aa  262  9e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.15 
 
 
553 aa  262  9e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.15 
 
 
553 aa  262  9e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1746  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.47 
 
 
563 aa  262  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.156999  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.6 
 
 
501 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  36.6 
 
 
465 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.15 
 
 
462 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.98 
 
 
438 aa  261  2e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  34.22 
 
 
511 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.86487e-05 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.14 
 
 
643 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.28 
 
 
459 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  34.76 
 
 
698 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.03 
 
 
553 aa  261  3e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  33.61 
 
 
698 aa  260  5e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  34.01 
 
 
935 aa  260  5e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  33.74 
 
 
696 aa  259  6e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  34.03 
 
 
511 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.02 
 
 
585 aa  259  6e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2302  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.98 
 
 
458 aa  259  7e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.957796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.51 
 
 
457 aa  259  8e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2053  transcriptional regulator  33.66 
 
 
696 aa  259  9e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  6.40776e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.71 
 
 
558 aa  258  1e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345974 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  34.74 
 
 
695 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2848  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.79 
 
 
553 aa  258  1e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0615513  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  31.81 
 
 
518 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.56 
 
 
597 aa  258  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  41.03 
 
 
616 aa  258  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.5 
 
 
471 aa  258  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  35.93 
 
 
553 aa  258  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.26 
 
 
710 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  40.46 
 
 
616 aa  257  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  40.46 
 
 
616 aa  257  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>