More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1440 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 315 aa  656    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.92 
 
 		 307 aa  232  5e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 326 aa  225  9e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.75 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.68 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.07 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 328 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 319 aa  216  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  37.62 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  39.59 
 
 		 322 aa  212  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  38.91 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 312 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.49 
 
 		 312 aa  208  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.97 
 
 		 312 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.64 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.9 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 323 aa  206  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  34.77 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  36.09 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 316 aa  195  9e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  36 
 
 		 325 aa  189  7e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  35.33 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  34.23 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 320 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.31 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.46 
 
 		 917 aa  168  1e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  35.53 
 
 		 280 aa  165  9e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 419 aa  157  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.24 
 
 		 424 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  31.7 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 309 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  45.6 
 
 		 430 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  46.88 
 
 		 671 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.11 
 
 		 550 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.03 
 
 		 459 aa  147  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 614 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 		 469 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  46.25 
 
 		 668 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.32 
 
 		 425 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  33.45 
 
 		 548 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.61 
 
 		 572 aa  143  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  31.65 
 
 		 418 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.65 
 
 		 438 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 638 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 460 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  41.63 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 464 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  30.19 
 
 		 428 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  49.39 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 464 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  49.39 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42 
 
 		 492 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  47.5 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.62 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  44.51 
 
 		 721 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 395 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 360 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40 
 
 		 361 aa  139  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45 
 
 		 681 aa  139  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  32.32 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.86 
 
 		 464 aa  139  7.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 324 aa  139  8.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 696 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.07 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 470 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 569 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 		 686 aa  137  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>