11 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0624 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013224  Dret_2536  Integrase catalytic region  98.38 
 
 
978 bp  1144  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  6.16979e-12  normal  0.891736 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1496  transposase IS4 family protein  98.36 
 
 
1338 bp  2478  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  5.17789e-10  hitchhiker  8.23353e-08 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1169  transposase IS4 family protein  98.65 
 
 
1338 bp  2510  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  9.12267e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0626  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
1326 bp  2629  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000304657  hitchhiker  2.328e-08 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0625  transposase IS4 family protein  100 
 
 
1338 bp  2652  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  3.5382e-10  unclonable  6.54827e-11 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0624    100 
 
 
4479 bp  8879  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  7.24302e-05  unclonable  7.02649e-10 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0376  Integrase catalytic region  99.35 
 
 
978 bp  1191  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000454687  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0370    99.35 
 
 
6856 bp  1191  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.542855  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0274    94.87 
 
 
291 bp  61.9  1e-06  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3821  integrase catalytic subunit  90.7 
 
 
957 bp  54  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000253663  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1541  integrase catalytic subunit  90.7 
 
 
957 bp  54  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>