More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0521 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
371 aa  771    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.34 
 
 
370 aa  595  1e-169  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.7 
 
 
386 aa  575  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.17 
 
 
377 aa  576  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2243  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.07 
 
 
375 aa  566  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2026  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.35 
 
 
407 aa  553  1e-156  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.02 
 
 
373 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.34 
 
 
370 aa  461  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.06 
 
 
372 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.06 
 
 
372 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.49 
 
 
371 aa  448  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.85 
 
 
367 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.63 
 
 
375 aa  442  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.71 
 
 
394 aa  442  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.01 
 
 
373 aa  436  1e-121  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.61 
 
 
379 aa  437  1e-121  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.51 
 
 
380 aa  436  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.6 
 
 
379 aa  431  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.06 
 
 
373 aa  429  1e-119  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.31 
 
 
372 aa  429  1e-119  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1321  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.61 
 
 
391 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.47 
 
 
374 aa  430  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.19 
 
 
392 aa  426  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.26 
 
 
355 aa  427  1e-118  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2542  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.13 
 
 
387 aa  425  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.213207  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.71 
 
 
373 aa  425  1e-118  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.29 
 
 
374 aa  425  1e-118  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1408  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 
387 aa  422  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.971065  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.37 
 
 
370 aa  421  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.1 
 
 
370 aa  421  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1307  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.8 
 
 
387 aa  421  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.99285  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1606  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.65 
 
 
388 aa  419  1e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.894963  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1785  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.8 
 
 
380 aa  419  1e-116  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0229472  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0396  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
380 aa  416  9.999999999999999e-116  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000954967  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.57 
 
 
372 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0820  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
387 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.31 
 
 
376 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0218  queuine tRNA-ribosyltransferase  55 
 
 
376 aa  412  1e-114  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.989201  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
369 aa  414  1e-114  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.33 
 
 
374 aa  413  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0159  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.84 
 
 
382 aa  414  1e-114  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.95405  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.85 
 
 
395 aa  414  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
377 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.04 
 
 
369 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.72 
 
 
370 aa  410  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.93 
 
 
380 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
374 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
374 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
372 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
374 aa  408  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
387 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.43 
 
 
371 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.43 
 
 
371 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.14 
 
 
375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.79 
 
 
372 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.31 
 
 
367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.67 
 
 
472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1267  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.7 
 
 
373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1187  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.46 
 
 
384 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00200873  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.22 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1203  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.24 
 
 
379 aa  401  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.261953  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0710  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
376 aa  404  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.22 
 
 
374 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.22 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.5 
 
 
374 aa  404  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.24 
 
 
380 aa  402  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.94 
 
 
377 aa  403  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.22 
 
 
374 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.78 
 
 
373 aa  401  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.39 
 
 
381 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.94 
 
 
377 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
397 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1430  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
376 aa  402  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.143529  normal  0.876583 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.22 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
379 aa  401  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
379 aa  401  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.29 
 
 
369 aa  404  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.83 
 
 
380 aa  402  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.22 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.22 
 
 
374 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.76 
 
 
371 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_002950  PG0500  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.13 
 
 
376 aa  398  9.999999999999999e-111  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.260336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.94 
 
 
377 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.67 
 
 
374 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>