More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0491 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
323 aa  660    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  58.28 
 
 
307 aa  340  2e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  55.63 
 
 
309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  52.67 
 
 
308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  53.59 
 
 
354 aa  318  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 
308 aa  311  9e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.26 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
309 aa  193  3e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 
304 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  37.63 
 
 
299 aa  186  5e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  34.26 
 
 
300 aa  186  6e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  44.13 
 
 
304 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 
300 aa  181  1e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 
310 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  34.62 
 
 
300 aa  181  2e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.61 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
294 aa  179  8e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 
306 aa  178  9e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 
295 aa  176  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 
321 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 
311 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 
321 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 
302 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  38.38 
 
 
311 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 
302 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 
302 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  36.25 
 
 
294 aa  176  7e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 
309 aa  175  8e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  38.38 
 
 
302 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 
295 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 
292 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  40.24 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.11 
 
 
293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 
371 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  37.75 
 
 
307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 
307 aa  172  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 
302 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 
249 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  34.27 
 
 
301 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 
307 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  38.04 
 
 
310 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 
308 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  37.35 
 
 
307 aa  170  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 
307 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 
307 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 
304 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  37.35 
 
 
307 aa  170  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 
309 aa  169  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 
314 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 
336 aa  169  7e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  37.85 
 
 
302 aa  169  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  36.47 
 
 
307 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  35.93 
 
 
311 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 
307 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 
310 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 
307 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  41.02 
 
 
305 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 
307 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  39.18 
 
 
322 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 
310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
293 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
293 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  36.7 
 
 
309 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 
304 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 
241 aa  166  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 
293 aa  165  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  36.86 
 
 
309 aa  165  8e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 
298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.74 
 
 
304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  39.57 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 
301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  39.57 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  33.1 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.23 
 
 
294 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 
299 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 
318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 
310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 
308 aa  162  6e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.21 
 
 
310 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 
314 aa  162  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 
318 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 
289 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 
302 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  35.12 
 
 
313 aa  160  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  34.92 
 
 
311 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 
244 aa  160  3e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  36.97 
 
 
294 aa  160  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  36.19 
 
 
309 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  35.33 
 
 
291 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  35.44 
 
 
299 aa  160  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  36.27 
 
 
297 aa  159  7e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 
299 aa  159  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>