More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0298 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  100 
 
 
431 aa  883    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  52.78 
 
 
435 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  50 
 
 
462 aa  413  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  50.24 
 
 
458 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2898  RNA modification enzyme, MiaB family  49.52 
 
 
429 aa  382  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1401  RNA modification enzyme, MiaB family  40.43 
 
 
506 aa  324  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.67 
 
 
432 aa  259  9e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  39.1 
 
 
437 aa  253  5.000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  33.92 
 
 
431 aa  249  5e-65  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.84 
 
 
429 aa  247  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.69 
 
 
450 aa  246  6.999999999999999e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.14 
 
 
431 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  36.3 
 
 
436 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.63 
 
 
471 aa  244  3e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  35.6 
 
 
451 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.82 
 
 
444 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.46 
 
 
449 aa  239  8e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  37.74 
 
 
448 aa  239  9e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  37.74 
 
 
448 aa  239  9e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.4 
 
 
430 aa  238  1e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.09 
 
 
429 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.84 
 
 
450 aa  238  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  35.26 
 
 
450 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  35.05 
 
 
449 aa  236  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  33.24 
 
 
454 aa  236  6e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  36.07 
 
 
435 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  34.99 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  34.99 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  34.99 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  34.99 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  34.99 
 
 
450 aa  234  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  34.99 
 
 
450 aa  234  3e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  34.99 
 
 
450 aa  234  3e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  34.99 
 
 
450 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  34.81 
 
 
450 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  34.99 
 
 
450 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  34.05 
 
 
446 aa  233  4.0000000000000004e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.1 
 
 
495 aa  233  7.000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.7 
 
 
434 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.29 
 
 
438 aa  230  3e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.81 
 
 
451 aa  230  4e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.97 
 
 
438 aa  230  4e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.16 
 
 
427 aa  230  4e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  33.79 
 
 
434 aa  230  5e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  35.07 
 
 
440 aa  228  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  36.62 
 
 
439 aa  226  4e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.57 
 
 
421 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  32.26 
 
 
434 aa  226  6e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.7 
 
 
456 aa  226  6e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  32.33 
 
 
448 aa  226  9e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.07 
 
 
435 aa  225  2e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.56 
 
 
434 aa  222  9e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.53 
 
 
442 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  31.02 
 
 
441 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.3 
 
 
434 aa  221  3e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.44 
 
 
434 aa  218  2e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.82 
 
 
467 aa  217  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.63 
 
 
425 aa  216  5e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  35.82 
 
 
425 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.98 
 
 
449 aa  216  5.9999999999999996e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.82 
 
 
425 aa  216  9e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  36.39 
 
 
440 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.99 
 
 
466 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.94 
 
 
420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.53 
 
 
444 aa  213  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.06 
 
 
425 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.87 
 
 
420 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.88 
 
 
434 aa  212  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.46 
 
 
416 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  30.73 
 
 
438 aa  209  6e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.88 
 
 
408 aa  209  1e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.58 
 
 
444 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0758  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.17 
 
 
462 aa  206  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.904603  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.11 
 
 
441 aa  206  9e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  34.09 
 
 
452 aa  204  2e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.3 
 
 
422 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.41 
 
 
427 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.2 
 
 
442 aa  203  5e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.62 
 
 
441 aa  202  9e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.66 
 
 
439 aa  202  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.28 
 
 
410 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  29.76 
 
 
429 aa  202  9.999999999999999e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.41 
 
 
419 aa  202  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.39 
 
 
410 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1645  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.44 
 
 
410 aa  202  9.999999999999999e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.447021  hitchhiker  0.00298865 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.19 
 
 
409 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.81 
 
 
451 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.92 
 
 
441 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11680  RNA modification enzyme, MiaB family  29.84 
 
 
450 aa  201  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0952269  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.83 
 
 
429 aa  201  3e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0184  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.32 
 
 
412 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2153  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.49 
 
 
467 aa  199  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2066  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.49 
 
 
467 aa  199  7e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0928241  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  31.35 
 
 
411 aa  199  9e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  29.51 
 
 
458 aa  199  1.0000000000000001e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  34.43 
 
 
427 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.07 
 
 
417 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0437  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.09 
 
 
477 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.809757  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0697  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.11 
 
 
462 aa  198  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.224906 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  34.43 
 
 
427 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>