More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0147 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  73.86 
 
 		 570 aa  850    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 575 aa  1151    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  74.33 
 
 		 574 aa  868    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  73.47 
 
 		 577 aa  869    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  71.2 
 
 		 593 aa  833    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  75.04 
 
 		 577 aa  868    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  53.18 
 
 		 596 aa  630  1e-179  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  53.49 
 
 		 604 aa  620  1e-176  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  51.15 
 
 		 573 aa  617  1e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  51.68 
 
 		 584 aa  592  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  51.51 
 
 		 584 aa  589  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  52.85 
 
 		 574 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  50.36 
 
 		 584 aa  568  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  54.03 
 
 		 586 aa  570  1e-161  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  49.44 
 
 		 579 aa  555  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  47.72 
 
 		 578 aa  548  1e-154  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  49.82 
 
 		 573 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  47.19 
 
 		 568 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  47.19 
 
 		 568 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  47.19 
 
 		 568 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  47.64 
 
 		 608 aa  533  1e-150  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  44.44 
 
 		 609 aa  528  1e-148  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  46.48 
 
 		 560 aa  505  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  45.23 
 
 		 557 aa  503  1e-141  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  48.29 
 
 		 570 aa  499  1e-140  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  45.74 
 
 		 561 aa  499  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  46.11 
 
 		 560 aa  498  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  46.74 
 
 		 556 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  46.14 
 
 		 559 aa  500  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  47.49 
 
 		 557 aa  498  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  43.99 
 
 		 555 aa  496  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  45.1 
 
 		 561 aa  495  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 556 aa  495  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  44.85 
 
 		 567 aa  498  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  45.31 
 
 		 576 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  45.49 
 
 		 570 aa  497  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  45.5 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  44.6 
 
 		 569 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  44.6 
 
 		 569 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  46.74 
 
 		 556 aa  497  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  45.49 
 
 		 570 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  46.64 
 
 		 561 aa  496  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  45.31 
 
 		 576 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  45.49 
 
 		 576 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  45.49 
 
 		 576 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  44.78 
 
 		 589 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  45.32 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  46.56 
 
 		 556 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  46.01 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  46.2 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  46.01 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  45.77 
 
 		 555 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  44.96 
 
 		 573 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  46.01 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  46.01 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  46.2 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  46.2 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  45.28 
 
 		 561 aa  493  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  46.2 
 
 		 555 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  45.88 
 
 		 555 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  45.95 
 
 		 558 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  45.34 
 
 		 559 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  45.59 
 
 		 559 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  45.95 
 
 		 558 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  45.95 
 
 		 558 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  45.97 
 
 		 571 aa  488  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  45.2 
 
 		 555 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  46.01 
 
 		 555 aa  491  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  46.44 
 
 		 557 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  45.95 
 
 		 558 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  45.34 
 
 		 559 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  45.83 
 
 		 555 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  44.92 
 
 		 558 aa  486  1e-136  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  45.39 
 
 		 560 aa  488  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  44.92 
 
 		 558 aa  486  1e-136  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  45.24 
 
 		 560 aa  485  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  44.52 
 
 		 571 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  44.52 
 
 		 577 aa  487  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  45.59 
 
 		 555 aa  486  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  45.57 
 
 		 555 aa  485  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  45.24 
 
 		 561 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  45.64 
 
 		 560 aa  482  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  46.45 
 
 		 555 aa  485  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  43.06 
 
 		 564 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  47.65 
 
 		 557 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>