More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0112 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0112  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 
113 aa  226  6e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3050  nitrogen regulatory protein P-II  75.22 
 
 
113 aa  182  1e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.59817  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3493  nitrogen regulatory protein P-II  65.09 
 
 
108 aa  149  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1137  nitrogen regulatory protein P-II  58.41 
 
 
113 aa  135  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.201523 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0531  nitrogen regulatory protein P-II  59.29 
 
 
113 aa  135  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0517  nitrogen regulatory protein P-II  59.29 
 
 
113 aa  135  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.64694e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1342  nitrogen regulatory protein P-II  56.64 
 
 
113 aa  131  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  3.01067e-09  unclonable  1.08063e-06 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0972  nitrogen regulatory protein P-II  58.41 
 
 
113 aa  130  6e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.23389e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1164  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  57.52 
 
 
113 aa  127  5e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  1.55222e-06  normal  0.138498 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2406  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  111  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0912  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  46.43 
 
 
112 aa  108  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  4.42242e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0295  nitrogen regulatory protein P-II  50 
 
 
112 aa  107  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.886213  normal  0.678271 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0428  nitrogen regulatory protein P-II  50.89 
 
 
112 aa  107  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1545  nitrogen regulatory protein P-II  50 
 
 
112 aa  106  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0275  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0433  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  105  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0037358  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0086  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  47.32 
 
 
112 aa  105  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0840353  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2044  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  105  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0371  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  48.21 
 
 
112 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0594  nitrogen regulatory protein P-II  45.54 
 
 
112 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0234  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  104  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000834653  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6587  nitrogen regulatory protein P-II  50.89 
 
 
112 aa  103  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.490351 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1217  nitrogen regulatory protein P-II  50 
 
 
112 aa  103  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.967639 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2590  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2513  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  102  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00284343  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0269  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.76816  normal  0.184312 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0487  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188054  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2408  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  103  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.82113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0651  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2827  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.994537  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0407  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32852  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3218  P-II family regulatory protein  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472285  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0193  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431486  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2137  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  102  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.573897  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1400  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0468  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409463  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2252  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0233324  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1302  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.54202  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0995  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  102  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.882952  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2921  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0772673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2866  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
136 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138557  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2877  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58077  normal  0.596742 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2783  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190051  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2530  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0437  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6195  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
136 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2346  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  47.32 
 
 
112 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.235899 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1499  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  46.43 
 
 
112 aa  102  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2525  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  102  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.720129  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2915  nitrogen regulatory protein P-II 2  44.64 
 
 
112 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0326538  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4190  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.959597 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0173  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  101  3e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.93377e-06  normal  0.353092 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0085  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  45.54 
 
 
112 aa  102  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.308979  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7409  nitrogen regulatory protein P-II  50 
 
 
112 aa  102  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0525  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  101  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  3.68327e-06 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0256  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  101  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3586  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0323305  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0302  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  101  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  101  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3819  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  101  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0240  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  47.32 
 
 
112 aa  101  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289663  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2043  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  101  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.242523  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0195  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  101  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.863029 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  45.54 
 
 
112 aa  100  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0555  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  100  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507657  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2629  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  100  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.594654  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0451  nitrogen regulatory protein P-II  45.54 
 
 
112 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.164177  normal  0.269933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4094  nitrogen regulatory protein P-II  45.54 
 
 
116 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.52607  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  100  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0815  nitrogen regulatory protein P-II  45.54 
 
 
136 aa  100  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3770  nitrogen regulatory protein P-II  45.54 
 
 
116 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.929056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0120  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  100  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0723912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2387  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.344208 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2357  nitrogen regulatory protein P-II  45.54 
 
 
112 aa  100  9e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2330  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  100  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678822  normal  0.202545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2559  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  100  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.32282  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0159  nitrogen regulatory protein P-II  45.61 
 
 
114 aa  100  9e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1921  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.4  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3314  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2088  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5130  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.179689  normal  0.884639 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1130  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  99.4  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2374  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.353669 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0971  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.650891  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2478  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  100  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.464409  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2651  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.614169  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0076  nitrogen regulatory protein P-II  50 
 
 
112 aa  99.4  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0461291 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0240  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  99.4  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.806951 
 
 
-
 
NC_004310  BR1005  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2900  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0642579  normal  0.0916709 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2376  nitrogen regulatory protein PII  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0285666  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2098  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  99  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.221402  hitchhiker  0.00315077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3243  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  99  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.669306  normal  0.422234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0171  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  99  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.138781  normal  0.605066 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1227  nitrogen regulatory protein P-II 1  45.54 
 
 
112 aa  99  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3119  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3237  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  99  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5499  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  99  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.118454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>