More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0088 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 271 aa  553  1e-156  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  50.96 
 
 		 301 aa  260  1e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  48.26 
 
 		 315 aa  248  8e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  45.35 
 
 		 279 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  49.22 
 
 		 270 aa  230  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  47.49 
 
 		 277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  43.91 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  41.8 
 
 		 277 aa  191  9e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 275 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 284 aa  178  8e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 280 aa  175  6e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 278 aa  172  5e-42  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  44.36 
 
 		 280 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 279 aa  170  2e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 280 aa  168  9e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.37 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  38.38 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 277 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 308 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  42.69 
 
 		 280 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 276 aa  158  8e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 273 aa  157  1e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  37.91 
 
 		 298 aa  158  1e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  42.44 
 
 		 276 aa  156  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 278 aa  153  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 283 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 282 aa  152  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  37.8 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.35 
 
 		 283 aa  152  8e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  36.7 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  36.53 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 		 278 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  42.26 
 
 		 282 aa  149  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  41.42 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  37.22 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  40.55 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.26 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  35.96 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.02 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 286 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 		 278 aa  142  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  35.79 
 
 		 517 aa  140  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  33.58 
 
 		 274 aa  139  4.999999999999999e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 285 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 289 aa  138  7.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 286 aa  138  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 269 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 279 aa  135  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 295 aa  135  5e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  32.71 
 
 		 613 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>