More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0044 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
173 aa  353  1e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  64.16 
 
 
173 aa  242  2e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2638  translation initiation factor IF-3  66.27 
 
 
169 aa  221  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294805  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  63.47 
 
 
176 aa  217  6e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0489  translation initiation factor IF-3  65.03 
 
 
176 aa  211  3e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  7.20798e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0708  translation initiation factor IF-3  65.06 
 
 
176 aa  207  9e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  2.338e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  55.95 
 
 
202 aa  205  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  58.64 
 
 
171 aa  203  8e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  9.64088e-06  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  54.02 
 
 
178 aa  201  4e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  54.02 
 
 
178 aa  201  4e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  55.03 
 
 
173 aa  200  9e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
180 aa  199  1e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  55.49 
 
 
172 aa  200  1e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  53.29 
 
 
194 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  53.29 
 
 
194 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  56.13 
 
 
159 aa  190  7e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 
187 aa  190  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.11233e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  50.61 
 
 
207 aa  189  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  52.33 
 
 
183 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  55.26 
 
 
165 aa  189  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  7.58155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  52.1 
 
 
194 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  53.75 
 
 
178 aa  188  3e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  52.38 
 
 
183 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  52.38 
 
 
183 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  52.38 
 
 
177 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  55.92 
 
 
154 aa  187  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.20038e-09  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
198 aa  187  5e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.35112e-07  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 
173 aa  186  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  54.61 
 
 
156 aa  186  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  51.5 
 
 
190 aa  186  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0660  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
176 aa  185  2e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  3.67528e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  55.03 
 
 
173 aa  186  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 
178 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  49.11 
 
 
178 aa  185  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  51.76 
 
 
173 aa  185  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 
164 aa  185  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
204 aa  184  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  55.62 
 
 
184 aa  184  5e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 
227 aa  184  5e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  51.53 
 
 
197 aa  184  7e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  2.8162e-05  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  52.12 
 
 
205 aa  182  1e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 
357 aa  182  2e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  53.53 
 
 
173 aa  182  2e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
169 aa  182  2e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0724  translation initiation factor IF-3  53.46 
 
 
194 aa  182  2e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000346718  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 
198 aa  182  2e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  51.46 
 
 
173 aa  182  2e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0713  translation initiation factor 3  52.47 
 
 
249 aa  182  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  52.6 
 
 
154 aa  181  4e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  51.52 
 
 
199 aa  181  4e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  55 
 
 
163 aa  181  4e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 
192 aa  181  4e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  48.55 
 
 
173 aa  181  5e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
200 aa  180  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  50.91 
 
 
169 aa  179  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  51.48 
 
 
172 aa  179  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4675  translation initiation factor IF-3  51.25 
 
 
177 aa  179  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.361003  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  50.91 
 
 
182 aa  179  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  2.97976e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  51.52 
 
 
182 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  52.12 
 
 
196 aa  178  3e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
219 aa  178  3e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  4.86529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  49.11 
 
 
243 aa  178  3e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
193 aa  178  4e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  6.92532e-08  hitchhiker  5.79185e-07 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  50.66 
 
 
184 aa  177  5e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 
219 aa  177  5e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  48 
 
 
175 aa  177  5e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  1.87486e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 
171 aa  177  7e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  48.77 
 
 
179 aa  177  7e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.29093e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 
166 aa  177  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  4.66118e-05  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
174 aa  177  9e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 
174 aa  176  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 
201 aa  176  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  48.78 
 
 
225 aa  176  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  50.65 
 
 
177 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  51.23 
 
 
225 aa  176  2e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 
175 aa  176  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  54.61 
 
 
155 aa  175  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  55.94 
 
 
143 aa  176  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.52308e-12  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  54.93 
 
 
146 aa  175  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.88109e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  48.48 
 
 
252 aa  176  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  51.3 
 
 
173 aa  175  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 
180 aa  175  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  52.33 
 
 
177 aa  175  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  49.09 
 
 
277 aa  175  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  51.27 
 
 
179 aa  175  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  55.21 
 
 
180 aa  175  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  47.53 
 
 
171 aa  174  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  52.33 
 
 
177 aa  174  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.18732e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  50.65 
 
 
174 aa  174  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  52.33 
 
 
177 aa  174  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
177 aa  174  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  55.83 
 
 
180 aa  174  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  53.37 
 
 
233 aa  174  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  47.5 
 
 
195 aa  174  6e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.17232e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  50.91 
 
 
238 aa  174  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  47.5 
 
 
195 aa  174  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.45665e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  47.5 
 
 
195 aa  174  6e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.20658e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  50.91 
 
 
238 aa  174  6e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  47.5 
 
 
195 aa  174  6e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  4.32272e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  50.91 
 
 
238 aa  174  6e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.335133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>