229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0018 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_R0018  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  232  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0020  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  232  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0005  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0033  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0049  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0052  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0076  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0092  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  226  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.214269  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0027  5S ribosomal RNA  100 
 
 
205 bp  109  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.866898  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0059  5S ribosomal RNA  100 
 
 
205 bp  109  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0005  5S ribosomal RNA  86.87 
 
 
117 bp  93.7  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0028  5S ribosomal RNA  86.87 
 
 
117 bp  93.7  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0420198  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0054  5S ribosomal RNA  86.87 
 
 
117 bp  93.7  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000257756  decreased coverage  0.000469584 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0070  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 
116 bp  89.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.45639  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0018  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 
117 bp  89.7  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0016  5S ribosomal RNA  92.19 
 
 
115 bp  87.7  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  85.44 
 
 
116 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  88.31 
 
 
116 bp  81.8  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0065  5S ribosomal RNA  84.76 
 
 
116 bp  81.8  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0010  5S ribosomal RNA  84.76 
 
 
116 bp  81.8  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.629957  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 
114 bp  79.8  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 
114 bp  79.8  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0055  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 
116 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  88 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  88 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  88 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 
116 bp  77.8  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 
114 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  92.59 
 
 
114 bp  75.8  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0021  5S ribosomal RNA  83.81 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000104076  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0078  5S ribosomal RNA  83.81 
 
 
116 bp  73.8  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000574865  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 
116 bp  71.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 
116 bp  71.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0016  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0035  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0035  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0015  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 
117 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0034  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 
117 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0024  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 
117 bp  69.9  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0016  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 
116 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 
111 bp  67.9  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 
111 bp  67.9  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 
114 bp  67.9  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0039  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0028  5S ribosomal RNA  90.74 
 
 
116 bp  67.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349072  normal  0.465513 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0063  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00852672  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0060  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0012  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0017  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00334647  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
117 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0016  5S ribosomal RNA  87.69 
 
 
117 bp  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.384299  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0005  5S ribosomal RNA  87.69 
 
 
117 bp  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.52738  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0005  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.493215  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
117 bp  65.9  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0031  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0028  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 
116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000903183  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0022  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 
124 bp  60  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0311578  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0082  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 
124 bp  60  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0171  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 
124 bp  60  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.114955  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0184  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 
127 bp  60  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00848557  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0412  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 
124 bp  60  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0961397  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r1781  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 
127 bp  60  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.386687  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0025  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 
117 bp  60  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.102792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0036  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 
117 bp  60  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.484974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0050  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 
117 bp  60  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00973992  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0060  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 
117 bp  60  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.136348  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 
132 bp  60  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 
132 bp  60  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0012  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 
109 bp  58  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0007  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 
109 bp  58  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0045  5S ribosomal RNA  88.68 
 
 
112 bp  58  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475262  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0058  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 
115 bp  56  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000489313  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0003  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 
116 bp  56  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000187832  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0008  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 
116 bp  56  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0004  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 
116 bp  56  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0028  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 
116 bp  56  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.348714  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0061  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 
115 bp  56  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  85.94 
 
 
117 bp  56  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0057  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 
116 bp  56  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0031  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 
115 bp  56  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0107699  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  85.94 
 
 
117 bp  56  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  85.94 
 
 
117 bp  56  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  85.94 
 
 
117 bp  56  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0009  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 
116 bp  56  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0014  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
109 bp  54  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0077  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
121 bp  54  0.000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_r0451  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
119 bp  54  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_r1564  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
119 bp  54  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_r1583  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
119 bp  54  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_r1618  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
119 bp  54  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.636533 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_r1797  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
119 bp  54  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  7.20962e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_r1803  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
119 bp  54  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000167597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>