More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3230 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
320 aa  665    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  41.7 
 
 
299 aa  227  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  40.28 
 
 
285 aa  215  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 
304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.04 
 
 
307 aa  209  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.41 
 
 
307 aa  209  6e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  38.04 
 
 
307 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.04 
 
 
307 aa  206  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  37.68 
 
 
307 aa  205  9e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.68 
 
 
307 aa  205  9e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.68 
 
 
307 aa  205  9e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  37.32 
 
 
307 aa  204  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  40.27 
 
 
299 aa  204  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  35.56 
 
 
318 aa  204  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
307 aa  203  3e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
307 aa  196  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  36.63 
 
 
307 aa  196  6e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  36.59 
 
 
298 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  36.59 
 
 
298 aa  193  3e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.43 
 
 
305 aa  192  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  38.73 
 
 
303 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.18 
 
 
331 aa  189  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  36.93 
 
 
310 aa  189  5.999999999999999e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  34.01 
 
 
302 aa  185  9e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.64 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  36.12 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 
303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.01 
 
 
302 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.67 
 
 
302 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.34 
 
 
308 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.67 
 
 
302 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.67 
 
 
302 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  33.67 
 
 
302 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.67 
 
 
302 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.67 
 
 
302 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  36.49 
 
 
311 aa  181  2e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.67 
 
 
302 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  35.64 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  34.75 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.15 
 
 
311 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  33.9 
 
 
304 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  34.81 
 
 
304 aa  176  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  36.2 
 
 
297 aa  177  3e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  36.79 
 
 
298 aa  176  4e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  35.97 
 
 
298 aa  176  5e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  35.09 
 
 
297 aa  176  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  35.17 
 
 
298 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.13 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  35.91 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.92 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  36.8 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.56 
 
 
303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  35.4 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.59 
 
 
306 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.06 
 
 
300 aa  172  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.11 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  36.08 
 
 
304 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 
355 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.68 
 
 
300 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.33 
 
 
319 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  37.63 
 
 
301 aa  171  1e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.25 
 
 
306 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 
305 aa  170  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.6 
 
 
297 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.6 
 
 
297 aa  169  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 
292 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  35.39 
 
 
315 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.11 
 
 
400 aa  168  9e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  32.54 
 
 
318 aa  168  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  34.81 
 
 
327 aa  167  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  33.91 
 
 
297 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  36.07 
 
 
297 aa  167  2e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  33.11 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  34.26 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.9 
 
 
318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  33.11 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.26 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 
303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  33.66 
 
 
396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 
319 aa  166  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.15 
 
 
332 aa  166  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.45 
 
 
297 aa  165  9e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.56 
 
 
297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  33.11 
 
 
321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  30.88 
 
 
297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  34.75 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  34.59 
 
 
334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  34.71 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.07 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.77 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.1 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 
275 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  33.44 
 
 
321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
325 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 
340 aa  163  5.0000000000000005e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  38.79 
 
 
293 aa  162  6e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  32.42 
 
 
352 aa  162  8.000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  33.73 
 
 
363 aa  161  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>