164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3117 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 110 aa  222  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  50.7 
 
 		 102 aa  74.7  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  50.7 
 
 		 102 aa  74.7  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  50.57 
 
 		 108 aa  72  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  46.25 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  41.86 
 
 		 98 aa  67  0.00000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  40.91 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  41.56 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  44.16 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  44.16 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  41.33 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  40 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  44.3 
 
 		 100 aa  63.5  0.0000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  40.48 
 
 		 102 aa  63.5  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  42.22 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 98 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 98 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  46.67 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  46.67 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  41.03 
 
 		 101 aa  62  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  38.64 
 
 		 114 aa  62  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  44.87 
 
 		 97 aa  62  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  38.89 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  39.58 
 
 		 100 aa  61.2  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  44.05 
 
 		 97 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  37.66 
 
 		 103 aa  61.2  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  42.31 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  39.47 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  42.31 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  34.09 
 
 		 98 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  32 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  42.86 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  35.48 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  39.58 
 
 		 115 aa  59.7  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  41.89 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  36.67 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  38.16 
 
 		 101 aa  60.1  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1728  hypothetical protein  42.67 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  38.16 
 
 		 100 aa  58.9  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  35 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  31.91 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  34.94 
 
 		 101 aa  58.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  40.74 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  41.25 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  39.74 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  35 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  36.49 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  35.37 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  32.63 
 
 		 103 aa  57  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  35.71 
 
 		 112 aa  57  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  31.91 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  45.28 
 
 		 104 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  38.1 
 
 		 113 aa  55.8  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  34.44 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  37.35 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  36.56 
 
 		 95 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  32.91 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  41.33 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  32.91 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  43.59 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  39.19 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3062  DNA polymerase beta domain protein region  34.62 
 
 		 189 aa  54.3  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  37.65 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  34.62 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  37.66 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  37.84 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  37.18 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  39.53 
 
 		 254 aa  53.5  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  31.82 
 
 		 115 aa  53.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  30.68 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  43.55 
 
 		 101 aa  52.4  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  31.58 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  35.06 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  36 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 132 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  36.36 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  37.18 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 152 aa  50.8  0.000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 109 aa  50.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  39.73 
 
 		 96 aa  50.8  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  25 
 
 		 109 aa  50.4  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  30.11 
 
 		 100 aa  50.4  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4165  DNA polymerase beta subunit  39.13 
 
 		 109 aa  50.4  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  35.14 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  36.84 
 
 		 97 aa  50.4  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  30.95 
 
 		 104 aa  50.1  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  40.54 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  37.18 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  30.23 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  39.74 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  34.67 
 
 		 97 aa  50.1  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>