More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2363 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
203 aa  412  1e-114  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.66 
 
 
211 aa  277  9e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63 
 
 
218 aa  268  4e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.14 
 
 
206 aa  258  5.0000000000000005e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.2 
 
 
206 aa  252  3e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.1 
 
 
204 aa  248  4e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.1 
 
 
204 aa  248  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59 
 
 
206 aa  246  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.94 
 
 
205 aa  240  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.85 
 
 
202 aa  236  2e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.8 
 
 
202 aa  235  4e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56 
 
 
206 aa  234  4e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.22 
 
 
205 aa  232  3e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.54 
 
 
202 aa  229  2e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.22 
 
 
205 aa  228  4e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.78 
 
 
214 aa  226  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.25 
 
 
225 aa  225  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.52 
 
 
225 aa  224  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1417  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.67 
 
 
205 aa  224  7e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000602325  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.29 
 
 
225 aa  224  8e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.74 
 
 
208 aa  223  1e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54 
 
 
220 aa  222  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.5 
 
 
225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.74 
 
 
206 aa  217  8.999999999999998e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1890  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.82 
 
 
213 aa  217  1e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.505321 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1486  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.38 
 
 
206 aa  217  1e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000112239  hitchhiker  0.00320062 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.59 
 
 
200 aa  214  5e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2835  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.01 
 
 
224 aa  211  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2513  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.81 
 
 
230 aa  211  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114714 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.26 
 
 
213 aa  209  2e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
224 aa  207  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
227 aa  204  9e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0253  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
229 aa  201  7e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1407  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.5 
 
 
202 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.42 
 
 
215 aa  198  6e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1247  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.54 
 
 
209 aa  196  1.0000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000481744  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1446  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.53 
 
 
218 aa  196  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1281  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.48 
 
 
195 aa  195  3e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.94 
 
 
212 aa  194  9e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1872  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
222 aa  193  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2448  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
222 aa  192  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.325008  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.69 
 
 
217 aa  192  3e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1531  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.55 
 
 
197 aa  191  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.468098  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01770  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.5 
 
 
201 aa  190  1e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1114  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.91 
 
 
191 aa  189  2e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.660024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.49 
 
 
212 aa  189  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.95 
 
 
214 aa  189  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.7 
 
 
229 aa  189  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2769  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.26 
 
 
227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.72 
 
 
313 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
198 aa  188  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.81 
 
 
224 aa  187  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.42 
 
 
223 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04220  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, formyltetrahydrofolate-dependent  46.6 
 
 
212 aa  187  1e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.54 
 
 
210 aa  186  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.9 
 
 
218 aa  185  5e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.79 
 
 
213 aa  184  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.22 
 
 
219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.74 
 
 
206 aa  183  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.303566  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1129  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.06 
 
 
214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.462935 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.73 
 
 
209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1102  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.06 
 
 
214 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.79 
 
 
225 aa  182  4.0000000000000006e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2182  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.34 
 
 
207 aa  181  5.0000000000000004e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.39 
 
 
223 aa  181  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.41 
 
 
219 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.18 
 
 
218 aa  181  8.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.62 
 
 
212 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.62 
 
 
212 aa  180  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.62 
 
 
212 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.32 
 
 
205 aa  179  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
222 aa  179  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.86 
 
 
219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.32 
 
 
205 aa  178  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1657  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.72 
 
 
221 aa  178  4.999999999999999e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0028  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.44 
 
 
182 aa  177  7e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.88 
 
 
203 aa  177  7e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4633  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.92 
 
 
239 aa  177  7e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.614886  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0524  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.39 
 
 
204 aa  177  9e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.54 
 
 
206 aa  177  9e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2533  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.72 
 
 
218 aa  177  9e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.272772  normal  0.391268 
 
 
-
 
NC_002978  WD0763  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, putative  46.03 
 
 
186 aa  177  1e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.211527  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0564  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.68 
 
 
218 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.513649  normal  0.0898016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.16 
 
 
209 aa  176  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.92 
 
 
222 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
220 aa  175  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.16 
 
 
209 aa  175  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.74 
 
 
222 aa  175  4e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4216  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.94 
 
 
217 aa  175  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.298326  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.07 
 
 
216 aa  175  5e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0641  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.85 
 
 
208 aa  174  6e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
217 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.45 
 
 
217 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.37 
 
 
212 aa  174  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.93 
 
 
212 aa  174  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.46 
 
 
212 aa  174  9e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.93 
 
 
212 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  42.93 
 
 
212 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.46 
 
 
213 aa  173  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.65 
 
 
222 aa  173  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>