137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2305 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2305  ferredoxin 2  100 
 
 
500 aa  1034    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0655  putative PAS/PAC sensor protein  35.8 
 
 
580 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.5 
 
 
748 aa  252  9.000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1889  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
752 aa  246  8e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.71 
 
 
755 aa  220  6e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  35.43 
 
 
569 aa  217  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.93 
 
 
763 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  34.12 
 
 
767 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02060  putative PAS/PAC sensor protein  36.18 
 
 
571 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02950  putative PAS/PAC sensor protein  33.89 
 
 
877 aa  205  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.44 
 
 
756 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0494  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.64 
 
 
519 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.7 
 
 
759 aa  197  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.7 
 
 
759 aa  196  9e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0092  putative PAS/PAC sensor protein  33.99 
 
 
577 aa  195  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3463  putative PAS/PAC sensor protein  31.94 
 
 
576 aa  191  2e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.158169  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2300  putative PAS/PAC sensor protein  32.88 
 
 
574 aa  191  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.252887  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0752  putative PAS/PAC sensor protein  33.06 
 
 
559 aa  191  2.9999999999999997e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.801139  hitchhiker  0.0000000000202467 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0426  putative PAS/PAC sensor protein  33.53 
 
 
556 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1585  putative PAS/PAC sensor protein  29.64 
 
 
573 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000290099  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2312  Fe binding transcriptional regulator FhlA  31.67 
 
 
747 aa  178  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0556  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.89 
 
 
542 aa  177  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01770  putative PAS/PAC sensor protein  30.3 
 
 
584 aa  171  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1315  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.67 
 
 
521 aa  171  4e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000641444  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1371  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.49 
 
 
521 aa  170  5e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0318  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.63 
 
 
550 aa  169  1e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1846  putative PAS/PAC sensor protein  30.86 
 
 
572 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1833  ferredoxin 2  29.83 
 
 
583 aa  157  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00530052  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1040  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  31.2 
 
 
696 aa  145  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  32.91 
 
 
490 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  30.58 
 
 
507 aa  120  4.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1292  Fe-S cluster domain protein  26.98 
 
 
443 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  32.77 
 
 
478 aa  119  1.9999999999999998e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  31.38 
 
 
482 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  32.34 
 
 
435 aa  117  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  33.62 
 
 
491 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  31.22 
 
 
484 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  32.07 
 
 
490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  32.91 
 
 
462 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  33.61 
 
 
482 aa  115  2.0000000000000002e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  30.45 
 
 
456 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  32.18 
 
 
488 aa  111  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  30.83 
 
 
493 aa  110  8.000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  29.03 
 
 
508 aa  107  5e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  31.67 
 
 
429 aa  107  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  30.51 
 
 
531 aa  107  7e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0813  hydrogenase large subunit domain protein  33.52 
 
 
424 aa  104  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.128167  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  29.88 
 
 
483 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2145  Fe-S cluster domain-containing protein  27.05 
 
 
435 aa  102  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0996  hydrogenase large subunit domain protein  31.52 
 
 
454 aa  101  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000195829  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  28.41 
 
 
485 aa  101  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  29.92 
 
 
490 aa  97.4  6e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0178  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.72 
 
 
443 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0261  hydrogenase subunit (ferredoxin)  28 
 
 
449 aa  94  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.578609  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0270  [Fe] hydrogenase  27.5 
 
 
449 aa  91.7  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0335  hydrogenase large subunit-like protein  26.1 
 
 
448 aa  89  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  27.76 
 
 
666 aa  87.4  6e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  23.71 
 
 
460 aa  85.9  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  25.18 
 
 
653 aa  84.7  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3798  Fe-S cluster domain-containing protein  24.64 
 
 
427 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.818918  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  29.13 
 
 
645 aa  84  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  25.87 
 
 
667 aa  84  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  23.13 
 
 
581 aa  84  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  29.13 
 
 
645 aa  84  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  25.87 
 
 
562 aa  81.6  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  25.91 
 
 
579 aa  80.9  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  24.81 
 
 
458 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  26.22 
 
 
572 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  25.95 
 
 
601 aa  78.6  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  25.65 
 
 
572 aa  77.4  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  28.87 
 
 
587 aa  76.3  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  27.78 
 
 
593 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0093  Fe-S cluster domain protein  23.58 
 
 
460 aa  75.9  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000835421 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  27.68 
 
 
594 aa  74.7  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0912  Fe-S cluster domain protein  22.34 
 
 
443 aa  73.9  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  27.42 
 
 
582 aa  73.2  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  27.87 
 
 
585 aa  72  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  23.13 
 
 
582 aa  72  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  27.42 
 
 
582 aa  72.4  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  25.19 
 
 
582 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  27.27 
 
 
576 aa  71.2  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  26.96 
 
 
573 aa  70.9  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  27.87 
 
 
587 aa  70.9  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  24.31 
 
 
578 aa  70.5  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  23.17 
 
 
569 aa  70.5  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  23.41 
 
 
666 aa  69.7  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  27.87 
 
 
585 aa  69.3  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  26.55 
 
 
577 aa  68.9  0.0000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  26.26 
 
 
583 aa  68.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  21.61 
 
 
569 aa  68.2  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  24.91 
 
 
582 aa  67.8  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  25.7 
 
 
578 aa  67.8  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  23.34 
 
 
439 aa  67.4  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  23.81 
 
 
573 aa  67.4  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  25.42 
 
 
590 aa  67.4  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  24.81 
 
 
574 aa  67  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  23.92 
 
 
582 aa  67  0.0000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  23.81 
 
 
573 aa  66.6  0.0000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  25.81 
 
 
585 aa  66.6  0.0000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  23.53 
 
 
566 aa  66.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>