128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2149 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2149  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 215 aa  431  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1689  GntR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 214 aa  129  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.248739  normal  0.372482 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1200  TrkA domain-containing protein  40.32 
 
 		 212 aa  128  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.228424  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1338  transcriptional regulator, GntR family  38.04 
 
 		 201 aa  125  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1543  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 206 aa  101  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0876912  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1615  TrkA domain-containing protein  29.89 
 
 		 208 aa  96.7  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0410032  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1361  TrkA domain-containing protein  29.89 
 
 		 208 aa  95.1  7e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00515151  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0117  TrkA domain-containing protein  31 
 
 		 214 aa  92.8  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2589  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 206 aa  91.3  9e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3335  TrkA-C domain protein  31.12 
 
 		 213 aa  88.6  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.611638  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1134  GntR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000105089  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0356  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2291  GntR family transcription regulator  49.06 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000698422  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2552  transcriptional regulator, GntR family  38.36 
 
 		 237 aa  52.8  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04070  transcriptional regulator, GntR family  38.16 
 
 		 234 aa  51.6  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.36 
 
 		 260 aa  51.6  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1622  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 246 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 251 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  40.3 
 
 		 254 aa  48.9  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 252 aa  48.5  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 251 aa  47.8  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 255 aa  47.8  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  37.1 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3837  transcriptional regulator, GntR family  39.39 
 
 		 255 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.10255  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3786  transcriptional regulator, GntR family  39.39 
 
 		 255 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  37.1 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  35.48 
 
 		 254 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3799  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392461  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7034  putative transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 280 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.444008 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  31.52 
 
 		 125 aa  46.6  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4331  regulatory protein GntR, HTH  39.06 
 
 		 83 aa  46.2  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.157834  normal  0.0446909 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  38.03 
 
 		 255 aa  46.2  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  23.44 
 
 		 240 aa  46.2  0.0004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6234  regulatory protein GntR HTH  38.1 
 
 		 514 aa  45.8  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2228  regulatory protein GntR HTH  29.9 
 
 		 370 aa  45.8  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.916284  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0212  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 255 aa  45.4  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1012  regulatory protein GntR, HTH  34.85 
 
 		 342 aa  45.1  0.0007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  30.71 
 
 		 255 aa  45.4  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4811  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 247 aa  45.1  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14010  transcriptional regulator  39.71 
 
 		 253 aa  45.1  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.646916  normal  0.765571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  32.38 
 
 		 240 aa  45.1  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4773  regulatory protein GntR HTH  38.24 
 
 		 86 aa  45.1  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0230746  decreased coverage  0.0000199602 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2708  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 477 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0205476  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 256 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1409  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 252 aa  44.3  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0527  trehalose operon transcriptional repressor  33.85 
 
 		 235 aa  44.3  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  34.72 
 
 		 262 aa  44.3  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0407  TrkA-C domain protein  35.9 
 
 		 158 aa  44.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 124 aa  44.3  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1020  histidine utilization repressor  39.06 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0543  trehalose operon repressor  33.85 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.405615  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 248 aa  44.3  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  38.33 
 
 		 229 aa  43.5  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4854  trkA domain protein  27.54 
 
 		 165 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0383  trkA domain protein  27.54 
 
 		 165 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2005  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 249 aa  44.3  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00857221  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  36.67 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  33.87 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 241 aa  43.1  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 232 aa  43.1  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3704  GntR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 229 aa  43.5  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.636639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  36.76 
 
 		 232 aa  43.1  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 234 aa  43.1  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 		 245 aa  43.1  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1359  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 		 123 aa  43.1  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.131607  normal  0.428483 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0752  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 247 aa  43.1  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00012009  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7481  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3979  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  37.31 
 
 		 366 aa  43.1  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.577756 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.34 
 
 		 258 aa  43.1  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0426  regulatory protein GntR HTH  28.92 
 
 		 243 aa  42.7  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3333  transcriptional regulator, GntR family  38.36 
 
 		 253 aa  42.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3370  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 247 aa  42.7  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3873  transcriptional regulator, GntR family  25.26 
 
 		 244 aa  42.7  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  35.94 
 
 		 246 aa  42.7  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0851  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 359 aa  42.7  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0546465  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  27.4 
 
 		 268 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 239 aa  42.7  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15140  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 239 aa  42.7  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  37.5 
 
 		 240 aa  42.4  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 240 aa  42.4  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  29.73 
 
 		 245 aa  42.4  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3954  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  34.78 
 
 		 247 aa  42.4  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3094  regulatory protein GntR HTH  34.43 
 
 		 486 aa  42.4  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0435211 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  38.46 
 
 		 239 aa  42.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0249  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 234 aa  42.4  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0255  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.94 
 
 		 234 aa  42.4  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  37.5 
 
 		 240 aa  42.4  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  37.5 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  37.5 
 
 		 240 aa  42.4  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  29.69 
 
 		 240 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  39.68 
 
 		 250 aa  42.4  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  39.68 
 
 		 250 aa  42.4  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04510  regulatory protein GntR HTH  35.14 
 
 		 127 aa  42.4  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  37.5 
 
 		 240 aa  42.4  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 234 aa  42.4  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4653  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 145 aa  42.4  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 242 aa  42.4  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 240 aa  42  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  42.4  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>