189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1473 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1473  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 
467 aa  927    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3958  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.45 
 
 
436 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000179604  hitchhiker  0.00000000917586 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0292  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  34.13 
 
 
425 aa  247  4e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00090  ABC-type sugar transport system periplasmic component  30.04 
 
 
276 aa  98.6  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  22.8 
 
 
374 aa  85.5  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.28 
 
 
381 aa  74.3  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.48 
 
 
316 aa  72.8  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.58 
 
 
351 aa  70.9  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4736  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.98 
 
 
484 aa  69.7  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  24 
 
 
352 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  21.24 
 
 
347 aa  67.4  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  22.16 
 
 
362 aa  66.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.91 
 
 
317 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  23.33 
 
 
306 aa  64.3  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.4 
 
 
368 aa  64.3  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  23.45 
 
 
289 aa  61.6  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  21.64 
 
 
332 aa  60.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  20.78 
 
 
332 aa  60.8  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  23.23 
 
 
365 aa  60.5  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.99 
 
 
311 aa  60.5  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  23.71 
 
 
307 aa  60.5  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  21.64 
 
 
332 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.8 
 
 
315 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  24.04 
 
 
361 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  22.85 
 
 
358 aa  58.9  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.92 
 
 
363 aa  58.5  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  58.5  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.11 
 
 
344 aa  58.2  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  20.68 
 
 
331 aa  57.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  20.68 
 
 
331 aa  57.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1399  rhizopine-binding protein precursor  24.61 
 
 
328 aa  57.4  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000528006  normal  0.827429 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  21.41 
 
 
331 aa  57.4  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  24.16 
 
 
310 aa  57.4  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.97 
 
 
324 aa  57  0.0000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.69 
 
 
321 aa  57  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.97 
 
 
311 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  21.69 
 
 
295 aa  56.2  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  22.84 
 
 
380 aa  55.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  22.36 
 
 
322 aa  55.1  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  24.42 
 
 
370 aa  55.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.91 
 
 
310 aa  55.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  25.33 
 
 
369 aa  55.8  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1498  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.51 
 
 
332 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  22.22 
 
 
360 aa  55.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1508  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.51 
 
 
332 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.944041  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.95 
 
 
309 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0801  putative galactoside ABC transporter  24.16 
 
 
342 aa  54.7  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.269097  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  20.17 
 
 
330 aa  54.7  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2284  galactose ABC transporter, periplasmic galactose-binding protein  23.51 
 
 
332 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2445  galactose ABC transporter, periplasmic galactose-binding protein  23.51 
 
 
332 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2297  galactose ABC transporter, periplasmic galactose-binding protein  23.51 
 
 
332 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.897545  hitchhiker  0.00310991 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  23.38 
 
 
365 aa  54.7  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  20.96 
 
 
333 aa  54.3  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.36 
 
 
311 aa  53.9  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3283  galactose ABC transporter, periplasmic galactose-binding protein  23.51 
 
 
332 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.69006 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  26.97 
 
 
307 aa  53.9  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0816  galactose ABC transporter, periplasmic galactose-binding protein  23.51 
 
 
332 aa  53.9  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.685859  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1630  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  23.35 
 
 
329 aa  53.5  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.34 
 
 
301 aa  53.5  0.000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4067  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.08 
 
 
329 aa  53.5  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0151386  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  20.71 
 
 
331 aa  53.5  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  22.45 
 
 
339 aa  53.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.47 
 
 
335 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  31.45 
 
 
308 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2425  D-galactose-binding periplasmic protein  23.59 
 
 
332 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  23.28 
 
 
346 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1574  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  22.96 
 
 
329 aa  52.8  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.47 
 
 
335 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1563  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.06 
 
 
330 aa  52.8  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2336  D-galactose-binding periplasmic protein  23.59 
 
 
332 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.777429  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2381  D-galactose-binding periplasmic protein  23.59 
 
 
332 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.1 
 
 
346 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2429  D-galactose-binding periplasmic protein  23.59 
 
 
332 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  21.5 
 
 
307 aa  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.36 
 
 
330 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  51.6  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  51.6  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.1 
 
 
346 aa  51.6  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  21.36 
 
 
330 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2750  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.52 
 
 
332 aa  51.6  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  21.36 
 
 
330 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  26.35 
 
 
299 aa  51.6  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 
333 aa  52  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  20.75 
 
 
335 aa  51.6  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  21.36 
 
 
330 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  23.1 
 
 
308 aa  50.8  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  21.36 
 
 
330 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.14 
 
 
345 aa  51.2  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  21.36 
 
 
330 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
309 aa  51.2  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  21.36 
 
 
330 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1681  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.79 
 
 
306 aa  50.8  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  25.64 
 
 
378 aa  50.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  21.36 
 
 
330 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.81 
 
 
313 aa  50.8  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>