More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1348 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 303 aa  624  1e-178  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  42.7 
 
 		 302 aa  241  9e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  39.79 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 285 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  41.84 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  38.85 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  39.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  39.72 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  39.86 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  37.71 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  38.73 
 
 		 320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  36.03 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  36.54 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 314 aa  199  7e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.54 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.88 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.54 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  35.88 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.88 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  38.83 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.33 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 301 aa  195  6e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.17 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.74 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  34.03 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.09 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.05 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.69 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.69 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.69 
 
 		 302 aa  192  9e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 		 302 aa  192  9e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.9 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.32 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  35.08 
 
 		 356 aa  189  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.92 
 
 		 292 aa  188  9e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.52 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.23 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.86 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.86 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  38.18 
 
 		 297 aa  185  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.52 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.69 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  35.52 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  38.01 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.52 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.74 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.23 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  31.29 
 
 		 297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  39.74 
 
 		 376 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.89 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.49 
 
 		 275 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.29 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.27 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.83 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.27 
 
 		 318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  37.84 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  37.41 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.3 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 347 aa  178  9e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.93 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  37.82 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  34.71 
 
 		 352 aa  177  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.67 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  35.16 
 
 		 326 aa  176  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.8 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  34.24 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.45 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.8 
 
 		 332 aa  175  8e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.49 
 
 		 350 aa  175  9e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.78 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.78 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  33.02 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  36.06 
 
 		 305 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  36.06 
 
 		 305 aa  173  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.62 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  34.74 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  34.48 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 352 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.15 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  35.83 
 
 		 352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 319 aa  172  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 327 aa  172  5e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.78 
 
 		 319 aa  172  5e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.78 
 
 		 319 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>