More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1154 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  100 
 
 
672 aa  1356    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  57.23 
 
 
654 aa  717    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  60.29 
 
 
676 aa  824    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  57.23 
 
 
677 aa  791    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.63 
 
 
661 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.63 
 
 
705 aa  558  1e-157  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  44.02 
 
 
678 aa  554  1e-156  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.79 
 
 
687 aa  548  1e-154  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.25 
 
 
694 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.91 
 
 
672 aa  480  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.09 
 
 
643 aa  473  1e-132  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.22 
 
 
686 aa  444  1e-123  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.59 
 
 
736 aa  405  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  53.05 
 
 
405 aa  353  5.9999999999999994e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  53.35 
 
 
403 aa  353  5.9999999999999994e-96  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  48.97 
 
 
493 aa  344  2.9999999999999997e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  50.15 
 
 
495 aa  342  1e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  49.85 
 
 
487 aa  341  2e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  49.55 
 
 
490 aa  341  2.9999999999999998e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  50.15 
 
 
495 aa  340  4e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
479 aa  340  4e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
479 aa  340  4e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
479 aa  340  4e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  49.26 
 
 
487 aa  340  5e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
481 aa  340  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  49.26 
 
 
480 aa  339  9.999999999999999e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  48.84 
 
 
481 aa  339  9.999999999999999e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  49.26 
 
 
493 aa  338  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  50.45 
 
 
499 aa  338  1.9999999999999998e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  48.84 
 
 
481 aa  338  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  48.96 
 
 
492 aa  337  2.9999999999999997e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  48.99 
 
 
491 aa  335  1e-90  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  47.79 
 
 
500 aa  334  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  48.96 
 
 
492 aa  334  3e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  48.37 
 
 
488 aa  333  7.000000000000001e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
493 aa  333  8e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  48.96 
 
 
496 aa  333  9e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  49.26 
 
 
492 aa  332  1e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  51.22 
 
 
418 aa  332  1e-89  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  48.66 
 
 
490 aa  332  1e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  48.36 
 
 
515 aa  332  2e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  48.66 
 
 
488 aa  330  4e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  46.4 
 
 
427 aa  330  4e-89  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  50.14 
 
 
407 aa  330  6e-89  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  48.37 
 
 
491 aa  330  6e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  48.37 
 
 
491 aa  330  7e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  48.07 
 
 
488 aa  329  1.0000000000000001e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  46.13 
 
 
485 aa  328  3e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  45.87 
 
 
496 aa  327  5e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  47.77 
 
 
485 aa  326  1e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  46.59 
 
 
485 aa  323  9.000000000000001e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  49.25 
 
 
500 aa  321  1.9999999999999998e-86  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
493 aa  318  2e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  49.25 
 
 
529 aa  318  2e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  45.53 
 
 
387 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
493 aa  318  2e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  45.24 
 
 
387 aa  309  9e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.24 
 
 
810 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  44.69 
 
 
584 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  45.63 
 
 
584 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  42.66 
 
 
416 aa  304  4.0000000000000003e-81  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  47.77 
 
 
505 aa  302  1e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  43.36 
 
 
382 aa  299  1e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  40.83 
 
 
385 aa  299  1e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  43.73 
 
 
593 aa  298  2e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  43.81 
 
 
557 aa  298  2e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1327  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  32.15 
 
 
663 aa  298  2e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  47.99 
 
 
507 aa  298  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  44.25 
 
 
382 aa  297  4e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  41.6 
 
 
400 aa  297  4e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  44.25 
 
 
382 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  44.25 
 
 
382 aa  296  6e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  44.25 
 
 
382 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  44.25 
 
 
382 aa  296  6e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  43.95 
 
 
382 aa  296  7e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  43.66 
 
 
382 aa  295  1e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  42.37 
 
 
573 aa  296  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  43.66 
 
 
382 aa  296  1e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  46.41 
 
 
577 aa  295  1e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  43.95 
 
 
382 aa  295  2e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  43.66 
 
 
382 aa  295  2e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  45.16 
 
 
584 aa  293  5e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  50.31 
 
 
411 aa  292  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  44.31 
 
 
557 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  45.22 
 
 
378 aa  290  5.0000000000000004e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.36 
 
 
411 aa  290  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  45.22 
 
 
378 aa  290  6e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  40.05 
 
 
598 aa  290  7e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  40.75 
 
 
596 aa  290  8e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  45.37 
 
 
577 aa  289  1e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  46.87 
 
 
574 aa  289  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  45.51 
 
 
559 aa  288  2e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  45.51 
 
 
575 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  41.51 
 
 
587 aa  286  8e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1044  30S ribosomal protein S1  40.2 
 
 
392 aa  286  1.0000000000000001e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.77 
 
 
403 aa  286  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  45.38 
 
 
559 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  45.38 
 
 
559 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  43.84 
 
 
568 aa  285  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  43.84 
 
 
568 aa  285  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>