More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1020 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  100 
 
 
177 aa  358  2e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  50.56 
 
 
178 aa  187  5e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  52.73 
 
 
168 aa  173  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  48.84 
 
 
189 aa  166  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  49.7 
 
 
173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  48.77 
 
 
207 aa  147  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  45.81 
 
 
172 aa  140  9e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  42.33 
 
 
171 aa  139  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  42.17 
 
 
175 aa  131  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  41.21 
 
 
169 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  40.37 
 
 
183 aa  127  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  42.86 
 
 
166 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  43.56 
 
 
173 aa  124  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  36.97 
 
 
168 aa  124  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.18 
 
 
174 aa  122  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  41.22 
 
 
594 aa  121  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.59 
 
 
593 aa  120  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  36.57 
 
 
208 aa  120  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  44.59 
 
 
187 aa  118  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  41.5 
 
 
170 aa  117  7e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  40.82 
 
 
170 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  38.18 
 
 
191 aa  116  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  43.95 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  37.58 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  36.31 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  39.64 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.96 
 
 
180 aa  115  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  35.67 
 
 
204 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  35.67 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  41.21 
 
 
172 aa  115  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  36.31 
 
 
196 aa  114  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  38.55 
 
 
169 aa  114  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  37.01 
 
 
180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  39.35 
 
 
264 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  42.57 
 
 
190 aa  112  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  38.93 
 
 
178 aa  112  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  36.97 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.16 
 
 
184 aa  111  5e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  37.01 
 
 
180 aa  111  6e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  41.1 
 
 
615 aa  111  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  40.88 
 
 
172 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  39.29 
 
 
172 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  38.26 
 
 
229 aa  111  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  40.88 
 
 
172 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.53 
 
 
174 aa  110  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.1 
 
 
172 aa  110  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  41.5 
 
 
277 aa  110  9e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  39.16 
 
 
181 aa  110  9e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  39.88 
 
 
172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  40.25 
 
 
172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  38.71 
 
 
190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  37.74 
 
 
186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  35.88 
 
 
184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  36.49 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  38.79 
 
 
179 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  37.58 
 
 
192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  35.88 
 
 
189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  37.42 
 
 
199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  34.15 
 
 
200 aa  108  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  35.88 
 
 
184 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.42 
 
 
190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  33.13 
 
 
196 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  41.73 
 
 
169 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  34.18 
 
 
192 aa  108  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  35.29 
 
 
184 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  36.3 
 
 
197 aa  108  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.76 
 
 
579 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  38.36 
 
 
224 aa  107  8.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  36.13 
 
 
197 aa  107  8.000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.55 
 
 
172 aa  107  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  36.97 
 
 
170 aa  106  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  33.54 
 
 
201 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  38.82 
 
 
219 aa  107  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  34.29 
 
 
183 aa  106  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  37.35 
 
 
175 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  37.35 
 
 
175 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  35.58 
 
 
172 aa  106  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  35.81 
 
 
181 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  39.19 
 
 
176 aa  106  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.88 
 
 
181 aa  106  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  37.2 
 
 
180 aa  106  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 
462 aa  106  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  33.94 
 
 
203 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  36.48 
 
 
186 aa  105  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  35.81 
 
 
193 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  37.82 
 
 
202 aa  105  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  31.93 
 
 
196 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  38.85 
 
 
179 aa  105  3e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  32.35 
 
 
209 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  32.35 
 
 
177 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  32.35 
 
 
184 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  32.35 
 
 
199 aa  105  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  32.35 
 
 
177 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  32.35 
 
 
177 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  32.35 
 
 
177 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  32.35 
 
 
177 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  37.42 
 
 
190 aa  104  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  34.91 
 
 
183 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  37.75 
 
 
171 aa  105  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  34.32 
 
 
183 aa  104  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>