More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0887 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
218 aa  442  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  95.41 
 
 
218 aa  424  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  43.98 
 
 
210 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  36.24 
 
 
206 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0881  hypothetical protein  44.03 
 
 
124 aa  101  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.926079  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  44.76 
 
 
106 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 
181 aa  85.1  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  53.97 
 
 
105 aa  79  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  41 
 
 
143 aa  77.4  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 
101 aa  71.6  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  31.3 
 
 
371 aa  68.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  33.68 
 
 
194 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
77 aa  62.8  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
134 aa  62  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 
189 aa  62  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  36 
 
 
245 aa  61.6  0.000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 
209 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  43.55 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  43.55 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
208 aa  60.1  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 
195 aa  60.1  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
193 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 
189 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  38.71 
 
 
215 aa  59.3  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
188 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  43.55 
 
 
182 aa  59.3  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
183 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
209 aa  59.3  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
183 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
184 aa  58.5  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
186 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
182 aa  58.2  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  39.68 
 
 
182 aa  58.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  31.96 
 
 
188 aa  58.2  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
197 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
182 aa  57.8  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
182 aa  57  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  57  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 
182 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 
182 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
276 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
97 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 
182 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  37.1 
 
 
209 aa  56.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.86 
 
 
203 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
182 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  37.5 
 
 
182 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
198 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  41.43 
 
 
192 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
198 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
208 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
208 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
208 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  39.06 
 
 
194 aa  55.8  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 
71 aa  55.8  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  35.29 
 
 
199 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
182 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 
224 aa  55.5  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
182 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
199 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.29 
 
 
199 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
182 aa  55.1  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
182 aa  55.1  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
210 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 
203 aa  55.1  0.0000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
183 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  36.51 
 
 
182 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
67 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
210 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
181 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
181 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
181 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
256 aa  54.3  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
181 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
197 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
184 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
176 aa  53.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  37.7 
 
 
488 aa  53.9  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
187 aa  53.9  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  29.23 
 
 
203 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  41.94 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 
180 aa  53.1  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  41.94 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 
221 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  41.94 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 
105 aa  53.1  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  35.48 
 
 
207 aa  53.5  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  41.94 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  33.8 
 
 
180 aa  53.1  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 
182 aa  53.1  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  41.94 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>