254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0874 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 206 aa  414  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  63.98 
 
 		 210 aa  259  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0881  hypothetical protein  57.72 
 
 		 124 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.926079  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 218 aa  138  7e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 218 aa  134  9e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  33.95 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  43.75 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 106 aa  71.6  0.000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  33.88 
 
 		 143 aa  70.5  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 101 aa  63.2  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  27.65 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  27.65 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 105 aa  56.2  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  39.34 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  31.58 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 256 aa  53.9  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 77 aa  53.9  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 182 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 184 aa  52.8  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  41.54 
 
 		 182 aa  52.4  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.97 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 182 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 227 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 300 aa  52.4  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 182 aa  52.4  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  37.7 
 
 		 185 aa  52.4  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  41.54 
 
 		 182 aa  52.4  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 432 aa  52  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  33.77 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  28.97 
 
 		 199 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  28.97 
 
 		 182 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 182 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 77 aa  51.2  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  28.97 
 
 		 182 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 255 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 190 aa  50.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 180 aa  50.4  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  41.38 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1044  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0507985  normal  0.081223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 176 aa  50.1  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  27.05 
 
 		 371 aa  49.3  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 134 aa  48.9  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 234 aa  49.3  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 180 aa  48.9  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 189 aa  48.9  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 71 aa  48.5  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 183 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 189 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 182 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  26.72 
 
 		 187 aa  48.5  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 183 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 182 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 178 aa  48.5  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 182 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 182 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 117 aa  48.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0197  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 80 aa  48.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.243983  normal  0.255658 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.65 
 
 		 188 aa  48.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 183 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 181 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 183 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 199 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 183 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  36.51 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 118 aa  47.8  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 183 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 183 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 104 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>