More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0836 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
252 aa  512  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 
599 aa  126  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.22 
 
 
284 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.03 
 
 
743 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 
437 aa  116  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 
632 aa  115  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  30.17 
 
 
590 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  30.04 
 
 
590 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 
753 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.47 
 
 
766 aa  112  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 
306 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.78 
 
 
627 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
606 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
590 aa  108  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 
637 aa  108  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  30.33 
 
 
357 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 
584 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  30.74 
 
 
601 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  29.92 
 
 
379 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.77 
 
 
447 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  27.31 
 
 
584 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.54 
 
 
409 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.83 
 
 
610 aa  106  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.35 
 
 
590 aa  106  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
596 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.83 
 
 
633 aa  105  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  30.25 
 
 
250 aa  105  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3943  diguanylate cyclase  28.1 
 
 
842 aa  104  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.48 
 
 
703 aa  104  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2389  hypothetical protein  32.53 
 
 
741 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  30.49 
 
 
582 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.16 
 
 
592 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 
738 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.05 
 
 
580 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.48 
 
 
594 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
612 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.2 
 
 
883 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.48 
 
 
594 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
584 aa  102  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2334  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
635 aa  102  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.149976 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
585 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
585 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4732  diguanylate phosphodiesterase  27.19 
 
 
408 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
585 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
585 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.93 
 
 
605 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  27.05 
 
 
584 aa  102  9e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
613 aa  101  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1313  hypothetical protein  29.27 
 
 
818 aa  101  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.4 
 
 
710 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
584 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.9 
 
 
773 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  31.17 
 
 
425 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.57 
 
 
572 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
583 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3143  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 
425 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.186111  normal  0.375725 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 
583 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  31.56 
 
 
656 aa  99  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
613 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
613 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.98 
 
 
797 aa  98.6  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
615 aa  98.6  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2822  PAS/PAC sensor domain-containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.69 
 
 
895 aa  98.6  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  30.93 
 
 
431 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  31.49 
 
 
743 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  30.13 
 
 
263 aa  97.8  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0481  sensory box protein  29.63 
 
 
964 aa  96.7  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166858  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0486  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.63 
 
 
964 aa  96.7  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.76 
 
 
677 aa  96.7  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.69 
 
 
1278 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.63 
 
 
965 aa  96.3  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694888  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3076  diguanylate phosphodiesterase  28.99 
 
 
285 aa  96.3  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.24 
 
 
829 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.62 
 
 
1034 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.17 
 
 
612 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.72 
 
 
842 aa  96.3  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.61 
 
 
633 aa  95.9  6e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  29.49 
 
 
411 aa  95.9  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 
598 aa  95.5  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 
648 aa  95.5  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2164  sensory box protein  31.25 
 
 
1431 aa  95.5  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357073  normal  0.611751 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  30.97 
 
 
351 aa  95.1  9e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1508  hypothetical protein  29.71 
 
 
840 aa  94.7  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  30.17 
 
 
454 aa  94.7  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  28.51 
 
 
251 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.17 
 
 
612 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.1 
 
 
581 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  30.17 
 
 
254 aa  95.1  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.96 
 
 
673 aa  94.4  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  29.83 
 
 
475 aa  94.4  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 
665 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
947 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
403 aa  94  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 
574 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.91 
 
 
707 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  28.76 
 
 
823 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 
587 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.31 
 
 
676 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1827  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.94 
 
 
569 aa  94  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161362  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.71 
 
 
610 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>