More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0788 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  100 
 
 
293 aa  606  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  37.63 
 
 
283 aa  189  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  36.24 
 
 
286 aa  176  6e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  35.86 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  36.99 
 
 
288 aa  169  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  38.35 
 
 
322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  32.99 
 
 
294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0037  integrase-recombinase protein  29.93 
 
 
285 aa  136  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.491877  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  34.13 
 
 
319 aa  135  8e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3619  phage integrase family protein  34.8 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.215155  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  32.87 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  31.52 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1127  phage integrase  29.12 
 
 
301 aa  128  9.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  31.49 
 
 
302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  33.88 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  31.49 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  30.24 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  32.88 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  31.49 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1846  integrase family protein  32.39 
 
 
370 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000018136  normal  0.604263 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  30.93 
 
 
283 aa  125  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.21 
 
 
299 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.21 
 
 
299 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.55 
 
 
330 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.21 
 
 
299 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.21 
 
 
299 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.5 
 
 
305 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 
319 aa  123  3e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  32.71 
 
 
295 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  30.77 
 
 
291 aa  123  4e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.84 
 
 
299 aa  122  6e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  33.92 
 
 
315 aa  122  9e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.45 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  29.59 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.46 
 
 
299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.46 
 
 
299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  30.47 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  31.21 
 
 
321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  35.53 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  30.58 
 
 
322 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  28.83 
 
 
326 aa  120  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.09 
 
 
299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.09 
 
 
301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  31.67 
 
 
308 aa  119  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  31.02 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.34 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.87 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.97 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  31.56 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3916  integrase family protein  26.96 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254607  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 
298 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  30.15 
 
 
299 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.94 
 
 
302 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  30.36 
 
 
300 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.64 
 
 
308 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  31.02 
 
 
309 aa  117  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  30.55 
 
 
295 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.13 
 
 
330 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  33.77 
 
 
297 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 
328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  28.08 
 
 
298 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  28.47 
 
 
310 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.43 
 
 
300 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  30.63 
 
 
303 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.43 
 
 
300 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  28.32 
 
 
298 aa  115  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.43 
 
 
300 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.43 
 
 
300 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  31.58 
 
 
309 aa  115  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  33.46 
 
 
332 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  32.23 
 
 
301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.43 
 
 
300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.43 
 
 
300 aa  115  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.55 
 
 
303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.17 
 
 
330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  31.65 
 
 
317 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.1 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.55 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.48 
 
 
277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  30.07 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.21 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  29.41 
 
 
338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  30.28 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  30.8 
 
 
310 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  31.63 
 
 
311 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.01 
 
 
297 aa  113  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  32.86 
 
 
302 aa  114  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  31.52 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.55 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  29.61 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.55 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.98 
 
 
298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  29.45 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.55 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.62 
 
 
299 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.85 
 
 
320 aa  113  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  30.21 
 
 
300 aa  113  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.17 
 
 
299 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>