111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0700 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0700  cytochrome c nitrite reductase small subunit NrfH  100 
 
 
153 aa  323  4.0000000000000003e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1522  cytochrome c nitrite reductase small subunit NrfH  38.89 
 
 
125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1893  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  40.87 
 
 
174 aa  101  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0693886  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4235  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  34.25 
 
 
161 aa  94  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1100  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  36.91 
 
 
205 aa  92.8  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1821  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH  32.89 
 
 
203 aa  91.7  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2334  NapC/NirT cytochrome c family protein  36.11 
 
 
159 aa  87.8  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000913356 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2386  cytochrome c nitrite reductase small subunit  31.33 
 
 
158 aa  86.3  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1043  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  28.47 
 
 
161 aa  84.3  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00711927  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3630  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH  33.78 
 
 
166 aa  84.3  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000885954  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1491  cytochrome c nitrite reductase small subunit  35.21 
 
 
159 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3093  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  34.25 
 
 
151 aa  79.7  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2903  respiratory nitrite reductase specific menaquinol--cytochrome-c reductase (NrfH) precursor  33.56 
 
 
151 aa  79  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1243  cytochrome c-type protein NrfH  29.33 
 
 
166 aa  79  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2096  NapC/NirT cytochrome c family protein  29.33 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.999464  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2988  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  34.03 
 
 
151 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1199  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH, putative  32.73 
 
 
154 aa  78.2  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1023  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH  31.58 
 
 
164 aa  78.2  0.00000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.127457  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0340  cytochrome c-type protein nrfH  29.14 
 
 
171 aa  77.4  0.00000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.349319  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1547  cytochrome c-type protein nrfH  29.14 
 
 
171 aa  77  0.0000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3707  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH, putative  26.76 
 
 
152 aa  76.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.741906  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1360  cytochrome c-type protein nrfH  29.14 
 
 
171 aa  77  0.0000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3155  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH, putative  27.69 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0706  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  30.97 
 
 
177 aa  75.9  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000199981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2399  cytochrome c nitrite reductase, small subunit NrfH, putative  26.17 
 
 
153 aa  73.6  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.524559  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4607  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  32.65 
 
 
158 aa  72.8  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0295  respiratory nitrite reductase specific menaquinol--cytochrome-c reductase (NrfH) precursor  25.17 
 
 
153 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000597678  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0082  NapC/NirT cytochrome c family protein  31.29 
 
 
155 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.2818  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0664  hypothetical protein  27.01 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0192323  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2867  cytochrome c nitrite reductase  31.82 
 
 
177 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0799  putative tetraheme cytochrome c  24.56 
 
 
183 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000122582  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1979  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  25.81 
 
 
172 aa  59.7  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.257844 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0130  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  25.2 
 
 
180 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0961  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  28.7 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.176798  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0964  cytochrome c nitrate reductase, small subunit  28.7 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0911  respiratory nitrite reductase specific menaquinol--cytochrome-c reductase (NrfH) precursor  27.78 
 
 
151 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.890022  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1446  NapC/NirT cytochrome c domain protein  34.92 
 
 
206 aa  57.8  0.00000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.148629  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1831  NapC/NirT cytochrome c family, N- region  31.54 
 
 
234 aa  57.4  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1504  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  25.15 
 
 
203 aa  55.5  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4367  putative cytochrome c-type protein  28.48 
 
 
160 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  28.14 
 
 
200 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0956  cytochrome c-type protein  28.44 
 
 
150 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.394996  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  28.14 
 
 
200 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  26.01 
 
 
390 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  26.01 
 
 
390 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  26.01 
 
 
390 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  26.01 
 
 
390 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  26.01 
 
 
390 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4756  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  28.09 
 
 
188 aa  53.5  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.540179  unclonable  0.0000000129737 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0299  trimethylamine N-oxide reductase, cytochrome c-type subunit  24.72 
 
 
188 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.649247  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1635  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  24.54 
 
 
180 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000671983  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  26.01 
 
 
390 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2384  NapC/NirT cytochrome c domain protein  25 
 
 
185 aa  51.6  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  25.43 
 
 
390 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  23.95 
 
 
389 aa  50.4  0.000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  25.43 
 
 
390 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1582  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  25.9 
 
 
195 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.220778  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  25.6 
 
 
394 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  25.6 
 
 
394 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  25.6 
 
 
394 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  25.6 
 
 
394 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  25.6 
 
 
394 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2719  cytochrome c-type protein NapC  25.61 
 
 
200 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  26.83 
 
 
200 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  26.35 
 
 
394 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  25.75 
 
 
200 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  25.75 
 
 
200 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  25.75 
 
 
200 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  25.75 
 
 
200 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  25.75 
 
 
200 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1539  cytochrome c-type protein YecK  24.71 
 
 
368 aa  47.4  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0138  putative tetraheme cytochrome c  28.93 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0617458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1947  nitrate/TMAO reductase  25.95 
 
 
192 aa  46.6  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2609  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  23.81 
 
 
366 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.637408  hitchhiker  0.00703853 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0807  cytochrome c-type protein  23.98 
 
 
378 aa  45.8  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003774  putative cytochrome c-type protein  26.71 
 
 
194 aa  46.2  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  24.82 
 
 
383 aa  45.4  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4005  NapC/NirT cytochrome c domain protein  23.78 
 
 
206 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4075  NapC/NirT cytochrome c-like  26.99 
 
 
198 aa  44.7  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.621031  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1659  cytochrome c family protein  29.6 
 
 
468 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.228643  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1678  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  26.79 
 
 
196 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.184526  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  24.31 
 
 
199 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  24.31 
 
 
200 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  24.31 
 
 
199 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2199  cytochrome c family protein  28.8 
 
 
468 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0994812  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  25.3 
 
 
392 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  24.44 
 
 
407 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2287  cytochrome c family protein  28.8 
 
 
468 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4723  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  23.94 
 
 
237 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0585086  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3218  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.19 
 
 
234 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000872  cytochrome c-type protein TorY  23.08 
 
 
364 aa  41.6  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  22.22 
 
 
386 aa  41.6  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000448194 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1313  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  24.4 
 
 
366 aa  41.6  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.563249 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>