More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0411 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  627  1e-179  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 297 aa  273  4.0000000000000004e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 303 aa  257  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 314 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  225  8e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.02 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  39.48 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  39.11 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 290 aa  209  4e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 297 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  195  9e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.22 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 297 aa  192  9e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  188  8e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 326 aa  185  9e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  35.27 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  35.52 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.58 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 334 aa  179  4e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  35.52 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  35.52 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 290 aa  178  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  34.48 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>