More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0288 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
356 aa  722    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.52 
 
 
358 aa  510  1e-143  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.79 
 
 
362 aa  452  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0597  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.1 
 
 
523 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000598819  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.66 
 
 
357 aa  449  1e-125  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.94 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2487  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.1 
 
 
352 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.94 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.94 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.38 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.82 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.1 
 
 
360 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.66 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.25 
 
 
371 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.23 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.82 
 
 
360 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.22 
 
 
358 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.93 
 
 
356 aa  436  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.97 
 
 
360 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.97 
 
 
360 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.82 
 
 
357 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.24 
 
 
352 aa  432  1e-120  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 
371 aa  434  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
358 aa  429  1e-119  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.58 
 
 
357 aa  429  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.68 
 
 
357 aa  428  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.11 
 
 
361 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.36 
 
 
357 aa  425  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.11 
 
 
361 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.15 
 
 
357 aa  426  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.69 
 
 
357 aa  425  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 
357 aa  424  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
362 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.61 
 
 
362 aa  422  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.37 
 
 
363 aa  421  1e-117  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.24 
 
 
359 aa  423  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.55 
 
 
364 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 
357 aa  423  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.28 
 
 
360 aa  419  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.58 
 
 
350 aa  421  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 
363 aa  419  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.4 
 
 
359 aa  418  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.77 
 
 
373 aa  420  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.05 
 
 
362 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.28 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  61 
 
 
357 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.5 
 
 
362 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.28 
 
 
359 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 
365 aa  414  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.85 
 
 
357 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.5 
 
 
359 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.89 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.5 
 
 
362 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.4 
 
 
357 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.15 
 
 
362 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.33 
 
 
362 aa  414  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.91 
 
 
357 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4439  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
357 aa  414  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
362 aa  414  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  61 
 
 
356 aa  413  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1852  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614244  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.73 
 
 
363 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1726  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172832  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.17 
 
 
355 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.17 
 
 
353 aa  409  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0775  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0341042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.17 
 
 
357 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.33 
 
 
355 aa  408  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1546  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.86 
 
 
373 aa  411  1e-113  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.178342  normal  0.073036 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.87 
 
 
358 aa  409  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0674  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00238259  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0523  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.653046  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.86 
 
 
360 aa  409  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.83 
 
 
357 aa  408  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2313  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  60 
 
 
351 aa  411  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.92 
 
 
369 aa  409  1e-113  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2887  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.45 
 
 
355 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.423656  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0740  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.34 
 
 
353 aa  408  1e-113  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1643  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
356 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4415  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.61 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3847  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.61 
 
 
355 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.937841 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3576  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.61 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3952  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.61 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4627  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.33 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391224  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.5 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1958  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.3 
 
 
367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.75 
 
 
358 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1720  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.9 
 
 
353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.424747 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.76 
 
 
353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1819  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.73 
 
 
356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.7246  normal  0.707373 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.1 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.03 
 
 
361 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3343  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.33 
 
 
355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.75 
 
 
358 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.33 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>