131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0195 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0195  FAD-dependent thymidylate synthase  100 
 
 
246 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00699129  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0189  FAD-dependent thymidylate synthase  62.03 
 
 
245 aa  313  1.9999999999999998e-84  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.125611  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0378  FAD-dependent thymidylate synthase  57.38 
 
 
231 aa  278  5e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000606523  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4063  FAD-dependent thymidylate synthase  55.27 
 
 
229 aa  268  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000544981  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3806  FAD-dependent thymidylate synthase  53.75 
 
 
229 aa  263  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3711  FAD-dependent thymidylate synthase  53.78 
 
 
229 aa  261  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000128726  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3106  FAD-dependent thymidylate synthase  55.23 
 
 
232 aa  258  7e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2735  FAD-dependent thymidylate synthase  52.19 
 
 
245 aa  251  6e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2421  FAD-dependent thymidylate synthase  51.79 
 
 
245 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0588955  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  54.43 
 
 
223 aa  250  2e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0128021  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1027  FAD-dependent thymidylate synthase  49.37 
 
 
230 aa  245  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00194248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2693  FAD-dependent thymidylate synthase  53.81 
 
 
228 aa  244  6.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000328347  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2649  FAD-dependent thymidylate synthase  50.41 
 
 
245 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000329367  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0772  thymidylate synthase, flavin-dependent  47.13 
 
 
258 aa  241  7.999999999999999e-63  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20020  thymidylate synthase (FAD)  53.28 
 
 
226 aa  235  5.0000000000000005e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.886241 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2044  FAD-dependent thymidylate synthase  49.61 
 
 
263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000390103  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1128  thymidylate synthase, flavin-dependent  50.66 
 
 
226 aa  223  3e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.307637  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09250  thymidylate synthase (FAD)  51.98 
 
 
226 aa  222  4e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0981097  normal  0.0643636 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0400  FAD-dependent thymidylate synthase  46.41 
 
 
234 aa  210  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000037909  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3206  FAD-dependent thymidylate synthase  47.15 
 
 
243 aa  204  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200528 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0802  thymidylate synthase, flavin-dependent  47.68 
 
 
218 aa  201  9e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000150033  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0819  thymidylate synthase, flavin-dependent  47.84 
 
 
231 aa  192  4e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000230738  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0990  FAD-dependent thymidylate synthase  47.35 
 
 
245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.329805  normal  0.245579 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2321  FAD-dependent thymidylate synthase  44.49 
 
 
248 aa  189  5e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294658  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00980  thymidylate synthase, flavin-dependent  46.05 
 
 
228 aa  185  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221907  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0523  thymidylate synthase, flavin-dependent  42.66 
 
 
237 aa  157  1e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1297  thymidylate synthase, flavin-dependent  39.17 
 
 
260 aa  149  4e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0971681  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1894  thymidylate synthase, flavin-dependent  41.47 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3813  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  42.36 
 
 
252 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.17838  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3530  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  42.36 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.537663  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3449  thymidylate synthase, flavin-dependent  41.38 
 
 
248 aa  129  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354216  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3445  thymidylate synthase  39.41 
 
 
253 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.277161  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2890  thymidylate synthase, flavin-dependent  37.02 
 
 
249 aa  128  7.000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0028  thymidylate synthase, flavin-dependent  36.93 
 
 
281 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1200  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.29 
 
 
223 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.001686  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1139  thymidylate synthase (FAD)  37.1 
 
 
282 aa  119  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.421298  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1268  thymidylate synthase, flavin-dependent  37.1 
 
 
273 aa  119  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908128  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1199  thymidylate synthase, flavin-dependent  37.1 
 
 
273 aa  119  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12767  FAD-dependent thymidylate synthase  35.96 
 
 
250 aa  116  3e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1187  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.56 
 
 
273 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.933104 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2189  thymidylate synthase, flavin-dependent  36.36 
 
 
250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1265  thymidylate synthase, flavin-dependent  36.49 
 
 
195 aa  112  8.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0584  thymidylate synthase complementing protein ThyX  34.4 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000716478  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2386  FAD-dependent thymidylate synthase  36.23 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1279  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.07 
 
 
195 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1489  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.07 
 
 
195 aa  110  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25280  FAD-dependent thymidylate synthase  35.85 
 
 
250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0348718  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4001  FAD-dependent thymidylate synthase  35.27 
 
 
250 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0999655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5811  FAD-dependent thymidylate synthase  35.41 
 
 
250 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3547  FAD-dependent thymidylate synthase  35.29 
 
 
265 aa  106  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583534  normal  0.337603 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1195  FAD-dependent thymidylate synthase  35.78 
 
 
274 aa  105  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.200813  normal  0.0356101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2792  FAD-dependent thymidylate synthase  37.44 
 
 
285 aa  104  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2115  FAD-dependent thymidylate synthase  35.21 
 
 
254 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2161  FAD-dependent thymidylate synthase  35.21 
 
 
254 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.298336  normal  0.459496 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2102  FAD-dependent thymidylate synthase  34.74 
 
 
254 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.213601 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3898  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.04 
 
 
216 aa  101  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.262304 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4274  thymidylate synthase flavin-dependent  33.33 
 
 
250 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.933149  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2353  thymidylate synthase complementing protein ThyX  35 
 
 
233 aa  99.4  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.431052  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3494  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.73 
 
 
226 aa  94  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1388  FAD-dependent thymidylate synthase  32.88 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1346  FAD-dependent thymidylate synthase  32.57 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2401  decreased coverage  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1882  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.58 
 
 
217 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0694605  normal  0.133921 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2482  thymidylate synthase complementing protein ThyX  36.46 
 
 
232 aa  90.9  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000421387  hitchhiker  0.00846096 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0173  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.49 
 
 
230 aa  90.5  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000307587  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1744  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.33 
 
 
216 aa  90.5  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.246329  normal  0.887681 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1861  FAD-dependent thymidylate synthase  29.68 
 
 
218 aa  90.1  3e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.224616  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1800  FAD-dependent thymidylate synthase  30.32 
 
 
206 aa  88.6  8e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0219748  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2236  FAD-dependent thymidylate synthase  30.33 
 
 
233 aa  87.8  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000477574  normal  0.574533 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2633  thymidylate synthase (FAD)  29.3 
 
 
262 aa  87.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0928647  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0011  FAD-dependent thymidylate synthase  31.28 
 
 
210 aa  86.7  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2063  FAD-dependent thymidylate synthase  28.57 
 
 
235 aa  83.2  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.828676  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1762  FAD-dependent thymidylate synthase  27.85 
 
 
206 aa  82.8  0.000000000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0001  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.14 
 
 
204 aa  82.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.248117  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0026  FAD-dependent thymidylate synthase  29.49 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0053  FAD-dependent thymidylate synthase  29.49 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0028  FAD-dependent thymidylate synthase  29.49 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1441  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.72 
 
 
265 aa  75.5  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.637537 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0471  FAD-dependent thymidylate synthase  34.83 
 
 
220 aa  73.9  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000151559  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0486  FAD-dependent thymidylate synthase  34.83 
 
 
220 aa  73.9  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000214395  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1336  FAD-dependent thymidylate synthase  34.07 
 
 
233 aa  70.1  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2071  thymidylate synthase complementing protein ThyX  29.44 
 
 
241 aa  69.7  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1044  thymidylate synthase complementing protein ThyX  28.19 
 
 
240 aa  69.7  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.416178 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0508  thymidylate synthase complementing protein ThyX  31.07 
 
 
289 aa  69.7  0.00000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03211  FAD-dependent thymidylate synthase  30.28 
 
 
212 aa  68.9  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0273  thymidylate synthase complementing protein ThyX  28.44 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2472  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.44 
 
 
284 aa  68.6  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000436575  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1609  FAD-dependent thymidylate synthase  30.41 
 
 
212 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02651  FAD-dependent thymidylate synthase  29.68 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1148  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.17 
 
 
267 aa  67  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.606793 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02661  FAD-dependent thymidylate synthase  29.02 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.314215  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1229  FAD-dependent thymidylate synthase  29.23 
 
 
261 aa  66.2  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0769  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.33 
 
 
244 aa  66.2  0.0000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.354412  normal  0.842984 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1689  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.54 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.179029 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1625  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.2 
 
 
253 aa  65.5  0.0000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00115057  normal  0.386894 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1387  thymidylate synthase complementing protein ThyX  27.27 
 
 
269 aa  65.1  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0493208  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0245  FAD-dependent thymidylate synthase  28.44 
 
 
210 aa  65.1  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1753  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.54 
 
 
244 aa  64.7  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03851  FAD-dependent thymidylate synthase  30.39 
 
 
210 aa  64.3  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.256114 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0501  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.53 
 
 
246 aa  63.9  0.000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1909  FAD-dependent thymidylate synthase  30.81 
 
 
229 aa  64.3  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>