87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0176 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1260  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  258  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0176  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  258  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.713236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1266  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  258  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2021  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  258  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.933908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2947  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  258  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0008  hypothetical protein  100 
 
 
117 aa  243  8e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2528  hypothetical protein  99.15 
 
 
117 aa  241  3.9999999999999997e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0405  hypothetical protein  98.29 
 
 
117 aa  239  9e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.743042  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0042  hypothetical protein  54.24 
 
 
122 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0903  hypothetical protein  54.24 
 
 
122 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1773  hypothetical protein  54.24 
 
 
122 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0046265  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1809  hypothetical protein  54.24 
 
 
122 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2230  hypothetical protein  39.32 
 
 
128 aa  93.2  9e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.8637e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0743  S23 ribosomal protein  45.16 
 
 
121 aa  87  8e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0925  S23 ribosomal protein  43.1 
 
 
118 aa  85.1  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0510  S23 ribosomal protein  40.34 
 
 
119 aa  84.7  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.426974  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0667  S23 ribosomal protein  40.52 
 
 
119 aa  84.7  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3674  S23 ribosomal protein  41.23 
 
 
119 aa  83.6  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.141742 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1903  S23 ribosomal protein  47.78 
 
 
117 aa  82  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.452499  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3082  hypothetical protein  45.65 
 
 
119 aa  81.6  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0653  hypothetical protein  37.5 
 
 
128 aa  81.6  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1843  S23 ribosomal protein  44.09 
 
 
116 aa  80.9  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.561977  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4875  S23 ribosomal protein  39.81 
 
 
119 aa  79  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0769  hypothetical protein  43.01 
 
 
120 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0716  hypothetical protein  43.01 
 
 
120 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4923  S23 ribosomal protein  36.75 
 
 
119 aa  78.2  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1908  S23 ribosomal protein  38.95 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0472505 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4365  S23 ribosomal  43.33 
 
 
127 aa  77.8  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.981218  normal  0.704063 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3816  hypothetical protein  45.56 
 
 
123 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0119683  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2891  hypothetical protein  42.39 
 
 
121 aa  77  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0159035 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2639  S23 ribosomal protein  47.13 
 
 
117 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2569  S23 ribosomal protein  39.64 
 
 
115 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0033  hypothetical protein  37.39 
 
 
116 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1774  S23 ribosomal protein  47.25 
 
 
118 aa  72.8  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113241  normal  0.0178351 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1776  S23 ribosomal protein  41.38 
 
 
118 aa  72.4  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353039  normal  0.0187612 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0596  S23 ribosomal protein  33.9 
 
 
122 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0419728  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3829  S23 ribosomal protein  37.07 
 
 
123 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0815906  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3825  hypothetical protein  41.57 
 
 
118 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.169171  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1133  S23 ribosomal protein  42.7 
 
 
125 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.625795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0610  S23 ribosomal protein  32.2 
 
 
124 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28865e-18 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1780  hypothetical protein  36.21 
 
 
119 aa  67.8  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0352  hypothetical protein  35.78 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50367  normal  0.137183 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2018  S23 ribosomal protein  30.91 
 
 
116 aa  60.5  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.575414  normal  0.264087 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2958  hypothetical protein  32.46 
 
 
117 aa  60.5  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0984  S23 ribosomal  33.04 
 
 
128 aa  59.7  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302642  normal  0.219777 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1768  S23 ribosomal protein  31.86 
 
 
127 aa  58.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.0791201 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1495  S23 ribosomal protein  38.39 
 
 
124 aa  59.3  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2403  hypothetical protein  33.66 
 
 
108 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.589367  hitchhiker  0.00347564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4754  S23 ribosomal protein  35.56 
 
 
117 aa  57.8  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.32042  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1160  S23 ribosomal protein  37.61 
 
 
138 aa  57  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0702  hypothetical protein  31.86 
 
 
130 aa  57  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000425706  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2487  S23 ribosomal protein  30.21 
 
 
130 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.119233 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1770  hypothetical protein  31.19 
 
 
119 aa  55.5  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00388506  normal  0.0836423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1396  hypothetical protein  37.29 
 
 
119 aa  55.1  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1960  S23 ribosomal protein  34.78 
 
 
122 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.330866 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3761  S23 ribosomal protein  24.58 
 
 
127 aa  54.3  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03005  hypothetical protein  29.2 
 
 
135 aa  54.3  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1949  S23 ribosomal protein  33.7 
 
 
122 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.512605 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1940  S23 ribosomal protein  33.7 
 
 
122 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0249687  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2609  S23 ribosomal protein  32.61 
 
 
122 aa  52.8  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.839204  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2670  hypothetical protein  33.62 
 
 
131 aa  53.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1904  S23 ribosomal protein  34.44 
 
 
122 aa  52.8  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4127  hypothetical protein  33.33 
 
 
113 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0039  S23 ribosomal  42.05 
 
 
121 aa  51.6  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.746441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3192  hypothetical protein  34.44 
 
 
117 aa  51.2  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2263  hypothetical protein  36.67 
 
 
128 aa  51.2  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  decreased coverage  0.000429969 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0834  S23 ribosomal protein  33.96 
 
 
122 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.530691  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2542  hypothetical protein  34.09 
 
 
117 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1383  hypothetical protein  33.33 
 
 
117 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1316  hypothetical protein  33.33 
 
 
117 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0254819 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1973  S23 ribosomal protein  32.26 
 
 
122 aa  49.3  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.174055 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2842  hypothetical protein  29.73 
 
 
125 aa  47.8  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.578199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1652  hypothetical protein  33.33 
 
 
125 aa  47.4  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193408  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3212  S23 ribosomal protein  35.79 
 
 
124 aa  47  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.69732  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0809  S23 ribosomal protein  29.73 
 
 
134 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3459  S23 ribosomal protein  40.26 
 
 
127 aa  46.2  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4428  glutamine--scyllo-inositol transaminase  33.33 
 
 
583 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1864  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.508556  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1554  S23 ribosomal protein  33.64 
 
 
136 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1137  hypothetical protein  27.78 
 
 
124 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2996  hypothetical protein  33.96 
 
 
118 aa  44.3  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2787  hypothetical protein  33.33 
 
 
118 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000122053  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1793  hypothetical protein  38.16 
 
 
127 aa  44.3  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0797  hypothetical protein  26.79 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171877 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3034  S23 ribosomal protein  32.98 
 
 
119 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1181  S23 ribosomal protein  29.2 
 
 
122 aa  42.7  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2144  hypothetical protein  36 
 
 
121 aa  40.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>