More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0172 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
319 aa  654    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  63.52 
 
 
322 aa  421  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  55.35 
 
 
347 aa  371  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  55.7 
 
 
318 aa  363  1e-99  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.14 
 
 
320 aa  359  3e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  50.94 
 
 
322 aa  346  3e-94  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.82 
 
 
328 aa  335  7e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.66 
 
 
321 aa  329  4e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  49.37 
 
 
333 aa  325  7e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.97 
 
 
334 aa  320  9.999999999999999e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  49.22 
 
 
326 aa  318  6e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  49.22 
 
 
326 aa  318  6e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  55.52 
 
 
334 aa  317  2e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.52 
 
 
333 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  48.12 
 
 
332 aa  312  5.999999999999999e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  47.19 
 
 
332 aa  305  6e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  47.19 
 
 
332 aa  305  6e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  47.94 
 
 
332 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.88 
 
 
332 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  47.19 
 
 
332 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.88 
 
 
332 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  47.94 
 
 
332 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  46.88 
 
 
332 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  46.43 
 
 
324 aa  301  1e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  46.11 
 
 
325 aa  300  2e-80  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.71 
 
 
343 aa  300  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  48.38 
 
 
324 aa  298  8e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  48.38 
 
 
324 aa  298  8e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  46.71 
 
 
308 aa  293  2e-78  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  45.45 
 
 
335 aa  294  2e-78  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  47.25 
 
 
350 aa  293  3e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.57 
 
 
337 aa  292  5e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.84 
 
 
326 aa  287  2e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.55 
 
 
337 aa  285  5e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
333 aa  285  8e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  44.06 
 
 
334 aa  285  8e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.94 
 
 
356 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.53 
 
 
346 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.91 
 
 
381 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.3 
 
 
328 aa  282  5.000000000000001e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  46.86 
 
 
325 aa  281  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.79 
 
 
321 aa  279  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  47.85 
 
 
356 aa  279  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  44.03 
 
 
347 aa  278  7e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  45.48 
 
 
354 aa  278  8e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.63 
 
 
333 aa  278  9e-74  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.77 
 
 
324 aa  276  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.48 
 
 
321 aa  276  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  45.98 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.98 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.51 
 
 
327 aa  273  2.0000000000000002e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  44.62 
 
 
346 aa  273  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  45.66 
 
 
355 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.86 
 
 
354 aa  272  6e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.66 
 
 
355 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  44.48 
 
 
325 aa  272  6e-72  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  45.66 
 
 
355 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.66 
 
 
355 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.97 
 
 
355 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.2 
 
 
319 aa  271  9e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.23 
 
 
331 aa  271  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.48 
 
 
332 aa  271  1e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.87 
 
 
355 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.31 
 
 
348 aa  270  2e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.22 
 
 
347 aa  270  2e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  45.83 
 
 
338 aa  270  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  42.19 
 
 
342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.2 
 
 
351 aa  270  2.9999999999999997e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  45.02 
 
 
355 aa  269  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  45.66 
 
 
332 aa  269  5.9999999999999995e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.59 
 
 
352 aa  268  1e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.85 
 
 
353 aa  267  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  43.95 
 
 
347 aa  268  1e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.99 
 
 
327 aa  266  2e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  44.05 
 
 
357 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.03 
 
 
333 aa  265  8e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  44.69 
 
 
354 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  44.69 
 
 
354 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 
354 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.63 
 
 
332 aa  265  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 
354 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 
354 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.69 
 
 
354 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  43.26 
 
 
325 aa  263  2e-69  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.96 
 
 
338 aa  264  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.69 
 
 
325 aa  263  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  45.95 
 
 
322 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  44.12 
 
 
327 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.07 
 
 
349 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  45.75 
 
 
332 aa  261  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.08 
 
 
332 aa  261  8.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  45.75 
 
 
332 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.34 
 
 
354 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.04 
 
 
346 aa  260  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.21 
 
 
357 aa  259  3e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.14 
 
 
343 aa  259  3e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 
326 aa  259  6e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.58 
 
 
337 aa  258  8e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  41.51 
 
 
343 aa  257  1e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.69 
 
 
352 aa  257  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>