More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0122 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
126 aa  252  1e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  63.08 
 
 
130 aa  171  4e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.04617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  66.67 
 
 
128 aa  164  6e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.17569e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  60 
 
 
124 aa  145  2e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  56.03 
 
 
144 aa  139  1e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.20475e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0225  RNA binding S1 domain protein  66.13 
 
 
134 aa  137  5e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  5.84856e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  56 
 
 
120 aa  136  9e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  5.91466e-13  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  56.62 
 
 
140 aa  136  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  1.44376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  54.62 
 
 
120 aa  133  6e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.31287e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  51.05 
 
 
152 aa  131  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  1.48596e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  51.11 
 
 
140 aa  130  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  9.83919e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  53.73 
 
 
134 aa  130  6e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.79369e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  53.73 
 
 
134 aa  130  6e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  9.39181e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  50 
 
 
161 aa  129  1e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.17621e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  50.33 
 
 
160 aa  128  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  50.33 
 
 
160 aa  128  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  7.9318e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  50.33 
 
 
160 aa  128  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.19651e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  50.33 
 
 
160 aa  128  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.01317e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  50.33 
 
 
160 aa  128  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  50.33 
 
 
160 aa  128  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  5.44172e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  50.33 
 
 
160 aa  128  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.37683e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  50 
 
 
161 aa  127  4e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  3.41067e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  56.1 
 
 
132 aa  127  4e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  50 
 
 
161 aa  127  4e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.57952e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  54.4 
 
 
132 aa  127  4e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  2.38948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  51.24 
 
 
134 aa  125  2e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  50 
 
 
133 aa  124  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.00816e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  50 
 
 
133 aa  124  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  4.17558e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  47.73 
 
 
133 aa  122  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  45.39 
 
 
152 aa  108  4e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  38.71 
 
 
164 aa  103  8e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  49.04 
 
 
125 aa  95.9  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  45.19 
 
 
129 aa  94.7  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  39.84 
 
 
140 aa  91.7  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.52887e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1166  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.05 
 
 
123 aa  85.1  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  3.91852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  38.18 
 
 
127 aa  84.3  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  45.28 
 
 
399 aa  82.8  1e-15  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  2.36762e-12  decreased coverage  3.02812e-15 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0202  general stress protein 13  43.24 
 
 
114 aa  81.3  4e-15  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5032  general stress protein 13  43.24 
 
 
114 aa  81.3  4e-15  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0608546  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4722  general stress protein 13  43.24 
 
 
114 aa  80.9  5e-15  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1805  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.71 
 
 
123 aa  80.5  8e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  1.94904e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  42.34 
 
 
114 aa  79.7  1e-14  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  42.34 
 
 
114 aa  79.7  1e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  42.34 
 
 
114 aa  79.7  1e-14  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  42.34 
 
 
114 aa  79.7  1e-14  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  42.34 
 
 
114 aa  79.7  1e-14  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  42.72 
 
 
759 aa  79  2e-14  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.9173e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.89 
 
 
757 aa  79.3  2e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  6.94259e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
861 aa  78.2  3e-14  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4967  RNA-binding S1 domain-containing protein  50 
 
 
774 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00735813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  50 
 
 
774 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  42.34 
 
 
133 aa  78.2  4e-14  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  41.44 
 
 
114 aa  77.8  5e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  36.61 
 
 
124 aa  77.8  5e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  41.44 
 
 
114 aa  77.8  5e-14  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1223  RNA binding S1 domain protein  45.56 
 
 
756 aa  77  8e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.572551 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.18 
 
 
721 aa  76.3  1e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.83556e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  47.37 
 
 
779 aa  76.6  1e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3028  RNA binding S1 domain protein  44.21 
 
 
754 aa  76.3  1e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.15 
 
 
124 aa  76.3  1e-13  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  8.79414e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  47.37 
 
 
779 aa  76.6  1e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  47.37 
 
 
772 aa  76.6  1e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  46.05 
 
 
773 aa  76.3  1e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0270  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.68 
 
 
774 aa  75.5  3e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50 
 
 
705 aa  75.1  3e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  41.67 
 
 
757 aa  74.7  4e-13  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.67713e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.15 
 
 
124 aa  74.7  4e-13  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  4.45297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3968  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.58 
 
 
514 aa  74.3  5e-13  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507698  normal  0.122374 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  46.05 
 
 
774 aa  73.6  9e-13  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05040  transcriptional accessory protein  44.44 
 
 
770 aa  73.2  1e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.948642  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.32 
 
 
774 aa  73.2  1e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1422  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.95 
 
 
503 aa  73.2  1e-12  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.324209  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  49.32 
 
 
772 aa  73.2  1e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  45.56 
 
 
385 aa  72.4  2e-12  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  2.41805e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.86 
 
 
718 aa  72.4  2e-12  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48 
 
 
687 aa  72.8  2e-12  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.21 
 
 
774 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001874  transcription accessory protein  37.27 
 
 
773 aa  71.6  3e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44 
 
 
706 aa  71.6  3e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1466  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.95 
 
 
769 aa  71.6  4e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2860  general stress protein 13  36.04 
 
 
121 aa  70.9  6e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
700 aa  70.9  6e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.90055e-06  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  38.53 
 
 
382 aa  70.5  7e-12  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  7.30459e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1032  S1 RNA-binding domain-containing protein  36.13 
 
 
735 aa  70.5  7e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.013008  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2122  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.53 
 
 
849 aa  70.5  8e-12  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00161735  normal  0.0955174 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44 
 
 
706 aa  70.5  8e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6302  RNA binding S1 domain protein  43.18 
 
 
760 aa  70.5  8e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.820559  normal  0.459443 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44 
 
 
705 aa  70.5  8e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  37.89 
 
 
678 aa  70.1  9e-12  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  8.87819e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0168  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.75 
 
 
119 aa  70.1  1e-11  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  1.07676e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  44.83 
 
 
400 aa  69.7  1e-11  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4663  30S ribosomal protein S1  41 
 
 
390 aa  69.7  1e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0608752  decreased coverage  0.00279875 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.67 
 
 
706 aa  69.7  1e-11  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.83 
 
 
403 aa  69.7  1e-11  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.33 
 
 
772 aa  69.7  1e-11  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.22 
 
 
720 aa  69.3  1e-11  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  39.62 
 
 
766 aa  69.7  1e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.83 
 
 
411 aa  70.1  1e-11  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1472  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.45 
 
 
782 aa  70.1  1e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.528687 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  42.71 
 
 
490 aa  69.7  1e-11  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>