More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0111 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 
1148 aa  763    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.95 
 
 
1164 aa  763    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  41.96 
 
 
1148 aa  824    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  44.06 
 
 
1157 aa  799    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 
1157 aa  727    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  43.78 
 
 
1122 aa  637    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  39.23 
 
 
1155 aa  765    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  43.07 
 
 
1169 aa  944    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 
1147 aa  738    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.35 
 
 
1157 aa  714    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  47.26 
 
 
1176 aa  1074    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  45.42 
 
 
1207 aa  663    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  43.93 
 
 
1165 aa  846    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 
1122 aa  650    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 
1164 aa  712    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 
1150 aa  735    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  47.34 
 
 
1176 aa  1078    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  47.26 
 
 
1178 aa  1075    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  47.17 
 
 
1176 aa  1073    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 
1157 aa  727    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 
1153 aa  748    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 
1153 aa  751    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  46.2 
 
 
1150 aa  638    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  41.48 
 
 
1210 aa  823    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  36.15 
 
 
1167 aa  719    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 
1146 aa  737    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  39.4 
 
 
1174 aa  676    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  40.61 
 
 
1188 aa  767    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 
1189 aa  726    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 
1158 aa  748    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  39.25 
 
 
1166 aa  750    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  37.97 
 
 
1165 aa  675    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  40.05 
 
 
1161 aa  783    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 
1156 aa  722    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 
1192 aa  717    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 
1163 aa  685    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 
1192 aa  726    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.18 
 
 
1158 aa  814    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  44.86 
 
 
1152 aa  636    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 
1159 aa  723    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  47.34 
 
 
1176 aa  1078    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 
1164 aa  722    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.96 
 
 
1153 aa  756    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 
1156 aa  738    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 
1177 aa  681    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  48.6 
 
 
1183 aa  1103    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  41.93 
 
 
1241 aa  776    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  43.36 
 
 
1208 aa  827    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 
1171 aa  680    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 
1164 aa  649    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 
1153 aa  645    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 
1175 aa  719    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.58 
 
 
1153 aa  735    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 
1172 aa  699    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 
1134 aa  758    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 
1160 aa  727    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 
1179 aa  710    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  37.93 
 
 
1172 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 
1150 aa  692    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  39.85 
 
 
1173 aa  694    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 
1182 aa  759    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 
1149 aa  682    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 
1194 aa  686    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 
1156 aa  723    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  41.57 
 
 
1211 aa  784    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  53.39 
 
 
1054 aa  640    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 
1160 aa  761    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  39.59 
 
 
1167 aa  681    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  34.69 
 
 
1122 aa  649    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  44.88 
 
 
1162 aa  1018    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  45.1 
 
 
1162 aa  1027    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  36.42 
 
 
1143 aa  758    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 
1180 aa  699    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 
1160 aa  713    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 
1160 aa  714    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  37.85 
 
 
1166 aa  716    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.73 
 
 
1178 aa  717    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 
1073 aa  760    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 
1172 aa  687    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 
1185 aa  719    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 
1161 aa  711    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  42.83 
 
 
1162 aa  865    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  41.79 
 
 
1188 aa  857    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  43.64 
 
 
1165 aa  908    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  40.6 
 
 
1179 aa  846    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  43.02 
 
 
1168 aa  843    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  40.92 
 
 
1222 aa  797    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 
1156 aa  723    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  40.8 
 
 
1189 aa  813    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  39.04 
 
 
1198 aa  746    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.5 
 
 
1160 aa  713    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 
1192 aa  791    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.77 
 
 
1177 aa  830    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 
1154 aa  657    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  41.4 
 
 
1224 aa  815    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 
1155 aa  727    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  41.57 
 
 
1211 aa  784    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  42.14 
 
 
1212 aa  780    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  38 
 
 
1173 aa  747    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 
1159 aa  654    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>