More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0060 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 335 aa  692    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.68 
 
 		 358 aa  286  5e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.82 
 
 		 330 aa  217  2e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.16 
 
 		 329 aa  212  9e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.57 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  35.38 
 
 		 321 aa  207  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.08 
 
 		 338 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.7 
 
 		 331 aa  196  6e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.54 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.58 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.47 
 
 		 324 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.35 
 
 		 323 aa  178  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.43 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.56 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  35.48 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.67 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  33.7 
 
 		 326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  31.58 
 
 		 320 aa  172  7.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  33.83 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.83 
 
 		 327 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.65 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.75 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.02 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.14 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.84 
 
 		 354 aa  166  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.94 
 
 		 344 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.69 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  35.51 
 
 		 284 aa  161  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  29.79 
 
 		 327 aa  159  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 327 aa  159  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.53 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  29.94 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  29.94 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.96 
 
 		 391 aa  158  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  29.94 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  29.94 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  29.94 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  29.94 
 
 		 327 aa  157  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.87 
 
 		 589 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.45 
 
 		 517 aa  154  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.14 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.12 
 
 		 383 aa  152  8.999999999999999e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.29 
 
 		 562 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  32.18 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.22 
 
 		 562 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.67 
 
 		 562 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.67 
 
 		 562 aa  150  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.79 
 
 		 562 aa  149  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  30.84 
 
 		 327 aa  149  5e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.79 
 
 		 562 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.79 
 
 		 562 aa  149  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.79 
 
 		 562 aa  149  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.79 
 
 		 562 aa  149  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.79 
 
 		 562 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  29.94 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.03 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.25 
 
 		 363 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.71 
 
 		 540 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.5 
 
 		 634 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.11 
 
 		 588 aa  144  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  34.78 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.3 
 
 		 562 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.73 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.29 
 
 		 501 aa  144  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  35.46 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.53 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.22 
 
 		 562 aa  144  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.28 
 
 		 460 aa  144  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  41.82 
 
 		 330 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 		 389 aa  140  1.9999999999999998e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.05 
 
 		 589 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  37.22 
 
 		 328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  34.78 
 
 		 328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  37.22 
 
 		 328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.44 
 
 		 737 aa  139  4.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.22 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.22 
 
 		 478 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.22 
 
 		 478 aa  138  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.43 
 
 		 930 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  36.57 
 
 		 499 aa  138  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.56 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.36 
 
 		 559 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  34.45 
 
 		 807 aa  137  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  38.55 
 
 		 900 aa  138  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.8 
 
 		 359 aa  137  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.99 
 
 		 735 aa  137  4e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.43 
 
 		 447 aa  136  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.72 
 
 		 561 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.25 
 
 		 370 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.56 
 
 		 328 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.8 
 
 		 467 aa  135  9.999999999999999e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.873736  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.59 
 
 		 914 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.59 
 
 		 485 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.98 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  35.1 
 
 		 548 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1963  DNA polymerase III subunit delta'  29.65 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00141399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  34.89 
 
 		 696 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  33.33 
 
 		 396 aa  133  3.9999999999999996e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>