41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0040 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0040  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 
363 aa  741    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.411333  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  41.89 
 
 
360 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000826117  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3615  putative transmembrane anti-sigma factor  34.27 
 
 
393 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0892578  normal  0.258616 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2363  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  25.26 
 
 
376 aa  69.7  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.824355  hitchhiker  0.000839626 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4156  putative transmembrane anti-sigma factor  24.61 
 
 
366 aa  67.4  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0909715  hitchhiker  0.000583924 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1842  hypothetical protein  30.52 
 
 
336 aa  65.5  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0844  putative transmembrane anti-sigma factor  28.68 
 
 
146 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000720688  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0889  putative transmembrane anti-sigma factor  24.31 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1893  putative transmembrane anti-sigma factor  37.93 
 
 
212 aa  62.8  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2076  putative transmembrane anti-sigma factor  21.33 
 
 
384 aa  61.2  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000018802  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1326  hypothetical protein  38.67 
 
 
465 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000243968  hitchhiker  0.00621187 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0155  putative transmembrane anti-sigma factor  25 
 
 
203 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000067167  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03980  putative transmembrane anti-sigma factor  19.9 
 
 
390 aa  54.3  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000793446  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0151  putative transmembrane anti-sigma factor  30.65 
 
 
203 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2018  putative transmembrane anti-sigma factor  37.1 
 
 
384 aa  51.6  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2732  hypothetical protein  26.27 
 
 
200 aa  49.7  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0100  putative transmembrane anti-sigma factor  36.07 
 
 
371 aa  48.9  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.314506  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3707  anti-sigma factor  41.67 
 
 
99 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.397334  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5902  hypothetical protein  35.94 
 
 
242 aa  48.5  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.617501 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0227  putative transmembrane anti-sigma factor  38.98 
 
 
277 aa  48.5  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0580  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.18 
 
 
267 aa  47.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0131  putative transmembrane anti-sigma factor  38.46 
 
 
347 aa  47.4  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000144677  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3276  putative transmembrane anti-sigma factor  34.33 
 
 
80 aa  47.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.953611  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0273  putative transmembrane anti-sigma factor  32.18 
 
 
135 aa  47  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287292  normal  0.724459 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0058  putative transmembrane anti-sigma factor  39.44 
 
 
223 aa  46.6  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0939  putative transmembrane anti-sigma factor  58.33 
 
 
220 aa  46.2  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.152526  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  42.31 
 
 
266 aa  45.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0394  putative transmembrane anti-sigma factor  27.33 
 
 
293 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  32.86 
 
 
313 aa  45.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1028  putative transmembrane transcriptional regulator  37.29 
 
 
235 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.48412 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1921  putative transmembrane anti-sigma factor  36.14 
 
 
179 aa  44.7  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0417141  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5953  putative transmembrane anti-sigma factor  45.45 
 
 
270 aa  44.7  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2226  putative transmembrane anti-sigma factor  42.86 
 
 
239 aa  44.7  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0399572  normal  0.233287 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0804  hypothetical protein  22.31 
 
 
188 aa  43.9  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2922  anti-sigma factor  36.11 
 
 
88 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0599  hypothetical protein  43.75 
 
 
247 aa  43.9  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3980  hypothetical protein  30.58 
 
 
246 aa  43.1  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.24724  normal  0.367091 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1792  putative transmembrane anti-sigma factor  36.36 
 
 
241 aa  43.1  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0049  hypothetical protein  35.19 
 
 
88 aa  42.7  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.667349  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07710  anti-sigma factor, TIGR02949 family  35.44 
 
 
92 aa  42.7  0.01  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0583122  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0334  putative transmembrane anti-sigma factor  30.77 
 
 
79 aa  42.7  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0219633  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>