More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0002 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 365 aa  733    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.41 
 
 		 367 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.99 
 
 		 367 aa  323  3e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.28 
 
 		 389 aa  283  2.0000000000000002e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  37.7 
 
 		 366 aa  280  3e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.04 
 
 		 370 aa  275  8e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.2 
 
 		 378 aa  266  5e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.32 
 
 		 366 aa  264  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  38.44 
 
 		 374 aa  261  2e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  37.63 
 
 		 376 aa  260  3e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  36.58 
 
 		 381 aa  259  4e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  36.58 
 
 		 381 aa  259  4e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.93 
 
 		 378 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 		 379 aa  256  5e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.32 
 
 		 381 aa  256  5e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.05 
 
 		 381 aa  256  6e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 		 379 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 		 379 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 		 379 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 		 379 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 		 379 aa  253  3e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.98 
 
 		 379 aa  253  3e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  36.78 
 
 		 367 aa  251  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.16 
 
 		 366 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.16 
 
 		 366 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  33.96 
 
 		 378 aa  239  4e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  33.96 
 
 		 378 aa  239  4e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.62 
 
 		 380 aa  239  4e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  33.16 
 
 		 378 aa  237  3e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 		 377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  32.97 
 
 		 366 aa  234  1.0000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 		 377 aa  232  9e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 		 377 aa  232  9e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.52 
 
 		 370 aa  229  5e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  33.15 
 
 		 365 aa  228  2e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 		 378 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.34 
 
 		 369 aa  225  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  34.6 
 
 		 366 aa  223  4.9999999999999996e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  34.67 
 
 		 376 aa  222  7e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.08 
 
 		 375 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  34.4 
 
 		 377 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  35.37 
 
 		 376 aa  216  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  0.0000491978 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.51 
 
 		 365 aa  215  9.999999999999999e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  35.54 
 
 		 376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  30.85 
 
 		 374 aa  213  4.9999999999999996e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 		 409 aa  211  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  32.09 
 
 		 377 aa  209  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 		 376 aa  208  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 376 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.15 
 
 		 385 aa  207  3e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 376 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  34.75 
 
 		 376 aa  206  4e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 376 aa  205  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.16 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 		 381 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 		 376 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.35 
 
 		 375 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 		 376 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.35 
 
 		 375 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 376 aa  202  6e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 		 390 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.17 
 
 		 369 aa  200  3e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.19 
 
 		 378 aa  200  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.11 
 
 		 372 aa  199  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  30.46 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.39 
 
 		 388 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.81 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.07 
 
 		 376 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.37 
 
 		 378 aa  196  6e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.73 
 
 		 372 aa  194  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  30.75 
 
 		 374 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  30.34 
 
 		 382 aa  193  5e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  29.65 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.89 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.99 
 
 		 387 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  29.65 
 
 		 412 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.32 
 
 		 388 aa  189  4e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  30.71 
 
 		 378 aa  189  5e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  30.75 
 
 		 402 aa  189  5e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  32.48 
 
 		 394 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  30.19 
 
 		 372 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  30.46 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  29.54 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.13 
 
 		 376 aa  188  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.26 
 
 		 396 aa  187  2e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.19 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.34 
 
 		 367 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.83 
 
 		 379 aa  187  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 372 aa  186  4e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  30.54 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  29.35 
 
 		 374 aa  184  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.34 
 
 		 367 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>