297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0040 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>