299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0038 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.50994e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  98.36 
 
 
77 bp  113  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.00399e-07  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.81838e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  96.61 
 
 
77 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.00461e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  92.21 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  6.71008e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  1.78277e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  1.38552e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  1.87168e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  97.87 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  6.81563e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  89.33 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  7.05596e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  1.34564e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0058  tRNA-Arg  90.54 
 
 
78 bp  83.8  5e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  89.04 
 
 
79 bp  81.8  2e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  3.59807e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  92.86 
 
 
74 bp  79.8  8e-14  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  8.19113e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  91.38 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  91.07 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.38631e-09 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  91.07 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.52331e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  91.07 
 
 
80 bp  71.9  2e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  91.07 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0009  tRNA-Arg  89.83 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  1.52408e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  95.35 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  95.35 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  4.27256e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  9.62108e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.44377e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.06891e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  5.14764e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  95.12 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.91538e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  4.0989e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  86.84 
 
 
78 bp  63.9  5e-09  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  97.22 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  7.75321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  93.18 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  2.47527e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  93.18 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.20516e-09  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  86.67 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  88.14 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  89.83 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0003  tRNA-Lys  90.2 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.237532  decreased coverage  0.00216648 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  7.98043e-14  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  85.14 
 
 
74 bp  60  8e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0006  tRNA-Lys  90 
 
 
73 bp  60  8e-08  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  94.74 
 
 
74 bp  60  8e-08  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  85.14 
 
 
74 bp  60  8e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  96.97 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  58  3e-07  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  86.15 
 
 
77 bp  58  3e-07  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  3e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.15 
 
 
74 bp  58  3e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>