More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3109 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
286 aa  582  1e-165  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.64 
 
 
280 aa  192  6e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 
277 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 
277 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  36.71 
 
 
290 aa  184  2e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 
277 aa  183  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 
277 aa  182  4e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 
279 aa  182  8e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  37.14 
 
 
277 aa  182  8e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 
277 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 
277 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 
288 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  37.14 
 
 
277 aa  180  3e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 
286 aa  180  3e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  40.57 
 
 
276 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 
308 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 
286 aa  179  6e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
277 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  37.54 
 
 
291 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 
280 aa  176  3e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.84 
 
 
280 aa  177  3e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 
286 aa  175  8e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  39.58 
 
 
295 aa  174  2e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  37.76 
 
 
288 aa  172  8e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
288 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  37.28 
 
 
288 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 
297 aa  171  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  37.41 
 
 
288 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  37.41 
 
 
288 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
288 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
288 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
288 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  37.41 
 
 
288 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.51 
 
 
298 aa  169  6e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36.62 
 
 
277 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.04 
 
 
284 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 
278 aa  165  1e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
297 aa  164  1e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  35.13 
 
 
289 aa  162  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 
277 aa  161  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 
294 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  33.8 
 
 
284 aa  157  2e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  36.56 
 
 
288 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  36.56 
 
 
288 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  36.56 
 
 
288 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  36.56 
 
 
288 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  36.56 
 
 
288 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 
283 aa  155  8e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 
289 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.85 
 
 
269 aa  152  6e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 
292 aa  152  9e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  36.79 
 
 
283 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.76 
 
 
292 aa  148  1e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  36.9 
 
 
526 aa  148  1e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.95 
 
 
289 aa  145  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 
275 aa  145  7e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 
273 aa  145  8e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 
296 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 
290 aa  142  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 
287 aa  142  5e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  37.46 
 
 
613 aa  142  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 
288 aa  141  1e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.86 
 
 
288 aa  140  2e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  1.41391e-11 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  38.83 
 
 
517 aa  139  5e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 
289 aa  139  5e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 
285 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 
288 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 
295 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.92 
 
 
290 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 
288 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 
269 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 
279 aa  136  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 
300 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  36.07 
 
 
301 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 
298 aa  136  5e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 
298 aa  135  7e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  35.92 
 
 
289 aa  135  7e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 
291 aa  135  8e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  37.88 
 
 
293 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  38.25 
 
 
284 aa  134  2e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 
289 aa  134  2e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  32.54 
 
 
295 aa  134  2e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.68 
 
 
286 aa  134  2e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 
295 aa  133  3e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.63 
 
 
271 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 
266 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 
301 aa  133  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 
283 aa  133  4e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.2 
 
 
322 aa  133  4e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 
296 aa  132  5e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
271 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.91 
 
 
283 aa  132  7e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 
269 aa  132  7e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 
280 aa  131  1e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 
305 aa  130  2e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 
298 aa  131  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 
298 aa  131  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 
283 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.53 
 
 
290 aa  129  5e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
286 aa  129  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>