More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3033 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 129 aa  257  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 123 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 118 aa  108  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  41.32 
 
 		 122 aa  107  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 119 aa  101  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 118 aa  98.6  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 118 aa  92  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 118 aa  92  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  33.59 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 118 aa  89  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 		 131 aa  88.6  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  32.81 
 
 		 129 aa  87.8  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  44.04 
 
 		 117 aa  87.4  6e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0382  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 122 aa  87  7e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 118 aa  87  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  37.78 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 138 aa  85.5  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.84 
 
 		 139 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0434  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 121 aa  85.1  3e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 		 117 aa  84.3  5e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 		 117 aa  82.8  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 119 aa  82.8  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  31.78 
 
 		 133 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  33.59 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  34.92 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 147 aa  80.1  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 138 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  36 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  34.96 
 
 		 122 aa  79.7  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  36.8 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  33.59 
 
 		 130 aa  80.1  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  31.45 
 
 		 127 aa  79  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 119 aa  79.3  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 138 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 128 aa  78.2  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  37.86 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  30.53 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  77.4  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 132 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 132 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 117 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  27.93 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  26.83 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  31.54 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 128 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 119 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 116 aa  73.9  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  29.41 
 
 		 143 aa  74.3  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  33.04 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  32.33 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  73.6  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  31.2 
 
 		 128 aa  72.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  32.03 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  34.13 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 162 aa  71.2  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  32.59 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  27.35 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  29.23 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0493  ribosome-binding factor A  34.07 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.852229  normal  0.935252 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8062  predicted protein  39.29 
 
 		 171 aa  70.5  0.000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00519858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  29.1 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  29.1 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  29.1 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 156 aa  69.7  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  27.5 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  32.06 
 
 		 131 aa  70.1  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>