More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3031 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 303 aa  616  1e-175  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  49.8 
 
 		 371 aa  224  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  48.1 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  37.32 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  45.56 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  38.7 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 244 aa  188  1e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  38.18 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  40.42 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  38.08 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  44.87 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.02 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  37.28 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  36.46 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.38 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  41.39 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  34.39 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  34.04 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 354 aa  175  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 318 aa  175  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  35.66 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 241 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  39.8 
 
 		 302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  38.51 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  42.19 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 304 aa  171  9e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  39.12 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  34.97 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  42.39 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  34.38 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 380 aa  169  4e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  38.95 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 317 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 		 344 aa  169  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>