More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2992 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2992  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
387 aa  800  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 
766 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
797 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 
584 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.52 
 
 
437 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  30.15 
 
 
582 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  30.61 
 
 
516 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
382 aa  99.8  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.32 
 
 
1066 aa  99.8  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
594 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
594 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.6 
 
 
917 aa  98.6  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.59 
 
 
1076 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 
413 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.35 
 
 
1047 aa  98.6  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
883 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.4 
 
 
773 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  28.29 
 
 
865 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  27.97 
 
 
568 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  28.06 
 
 
567 aa  97.8  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.64 
 
 
748 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  28.85 
 
 
567 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  28.85 
 
 
567 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4654  sensory box protein  28.79 
 
 
762 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.787491  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  28.06 
 
 
567 aa  97.8  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  28.85 
 
 
567 aa  97.8  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  28.85 
 
 
601 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1614  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.61 
 
 
771 aa  97.4  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0431388 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001211  sensory box/GGDEF family protein ScrC (involved in swarmer cell regulation)  29.84 
 
 
776 aa  97.1  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.34 
 
 
671 aa  96.3  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.837679  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 
581 aa  96.3  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.66 
 
 
1092 aa  95.9  9e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.227053  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 
425 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.39 
 
 
883 aa  95.9  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  28.06 
 
 
567 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1563  diguanylate phosphodiesterase  27.41 
 
 
505 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0699243 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 
583 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
585 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  8.68734e-06  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
585 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
585 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  30.83 
 
 
306 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.36 
 
 
633 aa  93.6  5e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
585 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.37032e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.52 
 
 
572 aa  93.6  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.92 
 
 
583 aa  93.2  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.67 
 
 
567 aa  93.2  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
580 aa  92.8  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.07 
 
 
584 aa  92.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2189  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.03 
 
 
729 aa  92.8  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.13 
 
 
673 aa  92.4  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  29.87 
 
 
413 aa  92.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001909  GGDEF family protein  27.91 
 
 
848 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  27.17 
 
 
567 aa  92  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.92 
 
 
584 aa  92  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04999  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 
775 aa  92  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.25 
 
 
753 aa  91.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  27.17 
 
 
567 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.68349e-21 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 
590 aa  91.3  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  30.42 
 
 
379 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  29.51 
 
 
584 aa  90.9  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1313  hypothetical protein  28.52 
 
 
818 aa  90.5  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.4 
 
 
706 aa  90.5  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1271  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.18 
 
 
649 aa  90.5  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30 
 
 
513 aa  89.7  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  29.73 
 
 
590 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 
357 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0521  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.17 
 
 
685 aa  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.799608 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  31.08 
 
 
403 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  31.08 
 
 
403 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.17 
 
 
1077 aa  89  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  31.08 
 
 
427 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1792  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.91 
 
 
751 aa  88.6  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016271  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 
449 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0523  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
609 aa  88.2  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0561371 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.29 
 
 
402 aa  88.6  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.75 
 
 
947 aa  88.6  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
697 aa  88.6  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.35 
 
 
1051 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.69 
 
 
706 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.85 
 
 
722 aa  87.8  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.97 
 
 
605 aa  87.8  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.17 
 
 
926 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.233383  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.9 
 
 
846 aa  87.4  4e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
958 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.175497 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  27.19 
 
 
518 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4347  GGDEF domain-containing protein  29.8 
 
 
958 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 
632 aa  87.4  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.05 
 
 
409 aa  87.4  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3732  diguanylate phosphodiesterase  32.16 
 
 
271 aa  87  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.731065  normal  0.388082 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.9 
 
 
820 aa  87  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0572  GGDEF domain-containing protein  29.46 
 
 
777 aa  87  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.11 
 
 
585 aa  87  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.11 
 
 
734 aa  87  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2751  multi-sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  28.46 
 
 
960 aa  87  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.198014  normal  0.0768897 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
454 aa  87  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965104  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6947  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.03 
 
 
958 aa  87  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  31.08 
 
 
474 aa  86.7  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
954 aa  87  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  31.08 
 
 
474 aa  86.7  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  31.08 
 
 
482 aa  86.7  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>