More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2981 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 387 aa  799    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  25.99 
 
 		 354 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  23.59 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  25.24 
 
 		 352 aa  72.8  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  24.71 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  21.67 
 
 		 355 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  23.44 
 
 		 357 aa  67  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  21.9 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  22.22 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  21.97 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  23.19 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  22.4 
 
 		 367 aa  60.1  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  24.54 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  22.67 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  24.38 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  23.39 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  24.78 
 
 		 350 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  24.6 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  43.24 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  24.35 
 
 		 399 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.1 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  21.83 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.85 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  44.83 
 
 		 187 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  44.83 
 
 		 187 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  34.85 
 
 		 178 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 178 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  44.83 
 
 		 187 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  22.22 
 
 		 383 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  23.62 
 
 		 359 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  41.33 
 
 		 279 aa  53.9  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 188 aa  53.5  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  44.83 
 
 		 182 aa  53.1  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 188 aa  53.1  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 194 aa  53.1  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 187 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 187 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 187 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 187 aa  53.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  32.38 
 
 		 209 aa  52.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 224 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 180 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 178 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 221 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 185 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 178 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 206 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 206 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 210 aa  51.2  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 178 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 185 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  27.42 
 
 		 191 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 97 aa  50.8  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 97 aa  50.8  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 188 aa  50.8  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 206 aa  50.4  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 194 aa  50.4  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  34 
 
 		 192 aa  50.4  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 503 aa  50.4  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 356 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  28.44 
 
 		 505 aa  50.4  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  34.31 
 
 		 188 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 207 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  23.58 
 
 		 383 aa  50.1  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 181 aa  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 189 aa  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 176 aa  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0072  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 73 aa  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 490 aa  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  49.7  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  30.19 
 
 		 195 aa  49.7  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 67 aa  49.7  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 67 aa  48.9  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 67 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  30.19 
 
 		 195 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  30.19 
 
 		 195 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 208 aa  49.7  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 189 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  30.19 
 
 		 195 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 67 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  22.03 
 
 		 372 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  21.26 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  30.19 
 
 		 195 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>